安全に利用できるようにするため、歩道の路面流失箇所の補修やササの刈り払い等を行っています。
国立公園内の豊かな自然環境を清潔に保持するため、清掃を実施しています。登山道や公園施設周辺、道路沿線のごみなどを回収するとともに、ごみ持ち帰りの徹底と不法投棄の防止に努めています。
えびの高原周辺は世界で唯一のノカイドウの自生地で、天然記念物にも指定されています。しかしノカイドウは高木による被圧、シカの剥皮害、根元の洗堀等により衰弱・枯死が著しく絶滅の危機に瀕しており、環境省レッドデータブックでは絶滅危惧IA類に分類されています。
環境省では地元自治体や研究者と協力して防獣ネットや稚樹の保護筒の設置、被圧木の伐採、根元洗掘防止工事などをおこない、生育状況を継続的に調査しています。また、災害により生育地が壊滅的な打撃を受けた場合に備えて母種の特定できる苗木を自生地外に植栽し、種の保存を図っています。
桜島及び佐多岬海中公園地区は昭和45年に我が国最初の海中公園地区の一つとして指定され、当公園の重要な景観要素となっています。しかし、近年では相次ぐ台風の襲来により至る所にサンゴの損壊やゴミの堆積が見られます。また、オニヒトデによるサンゴの食害も確認されています。
そこで、平成15年度から17年度まで(佐多岬は16年度のみ)に海底に堆積したゴミの回収やオニヒトデの駆除等を行い推移を見守っているところです。
藺牟田池は、絶滅のおそれのある野生生物の種の保存に関する法律によりベッコウトンボ生息保護地区に指定され、日本有数のベッコウトンボの生息地として維持されています。しかし、オオクチバス等の外来魚による補食など生息阻害要因が指摘されていたため、平成17年度に調査を行った結果、胃の内容物からトンボなどの昆虫が確認されました。ベッコウトンボの保護はもとより、「特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律」により指定されているオオクチバス、ブルーギルの防除のため、地元と協力して駆除事業を行うこととしています。
国立公園内の豊かな自然環境を清潔に保持するため、展望台や広場、その他公共の場所について利用の多い夏期を中心に桜島地域において美化清掃活動を実施しています。平成19年度からは指宿地区でも実施することとしています。