本公園は、広大で変化に富んだ原生的自然を有しており、標高に応じて植生が変わっていきます。概ね標高2,500m以上のいわゆる高山帯では、ハイマツ群落やお花畑が広がり、概ね標高1,500mから2,500mにかけては、シラビソ、オオシラビソが優占する亜高山帯針葉樹林やダケカンバ林、概ね標高1,500m以下では、ブナやミズナラを主とする夏緑広葉樹林などが分布しています。
本公園の高山帯では、地形・地質、積雪深といった環境の違いに対応した様々な植物を見ることができます。特に、白馬岳一帯は高山植物が豊かなことで有名であり、お花畑が発達し、シロウマアサツキ、シロウマリンドウなど白馬岳に由来する名前を持つ植物も多く生育しています。
ハイマツ群落(唐松岳)
高山植物のお花畑(白馬岳葱平)
また、梓川に見られるケショウヤナギは氷河期から冷涼気候等を求めて生き残る種類です。
上高地のケショウヤナギ
雲の平