自然環境の現状及び変化を把握することを目的として、全国の状況を面的に調査する「自然環境保全基礎調査（緑の国勢調査）」のほか、量的・質的な変化を明らかにするために様々な生態系で長期的な定点調査を行う「モニタリングサイト1000」等を実施しています。
自然環境保全基礎調査では、社会のニーズに対応した生物多様性に関する基盤情報を着実に整備していくため、10年間の実施方針・調査計画等をまとめた自然環境保全基礎調査マスタープラン（2023年3月策定）に基づき、種の分布や生態系等について調査しています。
植生調査では、1/25,000現存植生図（現存植生図2024）の全国データ公開が2024年度に完了しました。淡水魚類分布調査では、115種を対象として分布調査を実施し、2025年度に取りまとめを行いました。昆虫類分布調査（2023～2026年度予定）では、有識者へのアンケート調査や生物情報収集・提供システム「いきものログ」を用いた市民参加型調査等を実施しました。また、約50年間の調査成果をベースに他の自然・社会学的なデータも援用し、日本全体の自然環境の現状と変化状況・傾向を分かりやすく体系的に示すため、総合解析を行いました。
モニタリングサイト1000では、高山帯、森林・草原、里地里山、陸水域（湖沼及び湿原）、沿岸域（磯、干潟、アマモ場、藻場、サンゴ礁等）、小島嶼（しょ）について、生態系ごとに定めた調査項目及び調査方法により、合計約1,000か所の調査サイトにおいて、モニタリング調査を実施し、その成果を公表しています。また、得られたデータは5年ごとに分析等を加え、取りまとめています。2025年度には20年間の調査で明らかになった、身近に見られる生き物の減少傾向、気候変動の影響、外来種対策による在来種の回復状況などの日本の自然の変化について、分かりやすく、また身近に感じてもらえるようにまとめた「モニタリングサイト1000第4期とりまとめ報告書概要版パンフレット」を公表しました。農地・草原など開けた環境を好むスズメ・ヒバリ等の鳥や、開けた場所で見られるチョウ類の記録個体数が大きく減っていること（里地調査、森林・草原調査）、シギ・チドリ類やカモメ類といったごく普通に見られる鳥の個体数が大きく減っていること（シギ・チドリ類調査、小島嶼（しょ）調査）などについて、豊富なイラストや写真、また調査に参加してくださった企業や一般市民の方などの声とともに紹介しています。
インターネットを使って、全国の生物多様性データを収集し、提供するシステム「いきものログ」により、2026年3月時点で約546万件の全国の生物多様性データが収集され、地方公共団体を始めとする様々な主体で活用されています。
2013年以降の噴火に伴い新たな陸地が誕生した小笠原諸島の西之島に、2019年9月に上陸し、生態系、地質、火山活動等に関する総合学術調査を実施しました。しかし、2019年12月以降の大規模噴火により、旧島の全てが溶岩若しくは火山灰に覆われ、西之島の生物相がリセットされた状態となりました。原生状態の生態系がどのように遷移していくのかを確認することができる世界に類のない科学的価値を有する西之島の適切な保全に向けて、2021年度から再度総合学術調査を実施しています。2025年7月の調査では3年ぶりに上陸を果たし、大規模噴火以降初めて植物の生育を確認するなどの成果を上げました。
地球規模での生物多様性保全に必要な科学的基盤の強化及び人材育成の推進のため、アジア太平洋地域の生物多様性観測・モニタリングデータの収集・統合化等を推進する「アジア太平洋生物多様性観測ネットワーク（APBON）」の取組の一環として、APBONワークショップ（タイ・バンコク）及びAPBONウェブセミナーを開催しました。
調査研究の取組としては、独立行政法人国立科学博物館において、「過去150年の都市環境における生物相変遷に関する研究－皇居を中心とした都心での収集標本の解析」、「極限環境の科学」等の調査研究を推進するとともに、約516万点の登録標本を保管し、標本情報についてインターネットで広く公開しました。また、我が国からのデータ提供拠点である国立研究開発法人国立環境研究所、独立行政法人国立科学博物館及び大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立遺伝学研究所と連携しながら、生物多様性情報を地球規模生物多様性情報機構（GBIF）に提供しました。国立研究開発法人海洋研究開発機構は、前述の機関を通じてGBIFに協力するとともに、生物多様性情報を海洋生物多様性情報システム（OBIS）にOBISの日本ノードとして提供しました。
東京電力福島第一原子力発電所事故に起因する放射線による自然生態系への影響を把握するため、野生動植物の試料採取及び放射能濃度の測定等による調査を実施しました。また、調査研究報告会の開催等を通じて、関連した調査を行っている他の研究機関や専門家等との情報共有を図りました。
2030年ネイチャーポジティブの実現に向けた見通し等に関する中間レビューとして、「生物多様性及び生態系サービスに関する総合評価2028（JBO4：Japan Biodiversity Outlook 4）に向けた中間提言」を2025年10月に公表しました。生物多様性条約第7回国別報告書や生物多様性国家戦略の中間評価を取りまとめた際には、同提言を参照情報として活用しました。
コラム：生物多様性及び生態系サービスに関する総合評価2028（JBO4：Japan Biodiversity Outlook 4） に向けた中間提言の公表について
JBO（Japan Biodiversity Outlook）は、日本の生物多様性及び生態系サービスの現状等について、有識者検討会で科学的情報等を基に総合的に評価した結果を示すものです。2025年10月に、2030年ネイチャーポジティブの実現に向けた見通し等に関する中間レビューとして、「生物多様性及び生態系サービスに関する総合評価2028（JBO4：Japan Biodiversity Outlook 4）に向けた中間提言」（以下「JBO4中間提言」という。）が取りまとめられました。
JBO4中間提言は、2028年に公表予定のJBO4の取りまとめを前に、「生物多様性国家戦略2023-2030」の5つの基本戦略の下に設定されている計15の状態目標の達成に向けた状況について、300個を超える指標を選定の上、2020年を基準年とした短期トレンドについて総合評価を行いました。
評価結果は以下の図のとおりとなりました。
評価結果から明らかになったのは次のポイントです。
・自然の状態：我が国の生物多様性は全体として損失し続けており、生態系サービス（自然の恵み）も回復するまでには至っていないと考えられる。
・社会経済の状態：事業活動における生物多様性への配慮や消費行動における生物多様性への配慮など、生物多様性の損失の背景に位置付けられる社会経済状況については、部分的であるが改善していると考えられる。
このことから、JBO4中間提言では、2030年ネイチャーポジティブの実現に向けて、産官学民が連携・協働し、引き続き多角的な取組を実施・加速化することが必要であるとしています。また、総合評価に必要な指標やそのデータに不足があることが明らかになり、今後の評価の充実化に向けて、指標の開発や調査研究が進められることが望まれるとしています。
JBO4中間提言は、2026年2月に提出した、我が国の生物多様性条約第7回国別報告書や、生物多様性国家戦略2023-2030の実施状況の中間評価を取りまとめる際に参照情報として活用されており、生物多様性及び生態系サービスの現状等を国レベルで評価するアプローチとして海外からも関心を集めています。