法令・告示・通達
「原生自然環境保全地域及び自然環境保全地域の許可、届出等の取扱要領」について
環自計発051001001号
(自然環境局長から各地方環境事務所長、釧路、長野及び那覇自然環境事務所長、高松事務所長あて)
今般、別紙のとおり「原生自然環境保全地域及び自然環境保全地域の許可、届出等の取扱要領」を定めたので、この要領に基づきこれらの取扱いの適正を図られたい。
なお、これに伴い、「原生自然環境保全地域及び自然環境保全地域の許可、届出等の取扱要領」（平成12年11月10日付け環自計第230号自然保護局長通知）は廃止する。
また、この取扱要領の実施の際、既に申請又は届出がなされているものについては、なお従前の取扱いによる。
（別紙）
原生自然環境保全地域及び自然環境
保全地域の許可、届出等の取扱要領
１ 総則
（通則）
自然環境保全法（昭和47年法律第85号。以下「法」という。）第14条第１項に規定する原生自然環境保全地域、第25条第１項に規定する特別地区、第26条第１項に規定する野生動植物保護地区、第27条第１項に規定する海中特別地区又は第28条第１項に規定する普通地区内において行う行為に関する許可又は届出の取扱いについては、法、自然環境保全法施行令（昭和48年政令第38号。以下「令」という。）及び自然環境保全法施行規則（昭和48年総理府令第62号。以下「規則」という。）並びに地方環境事務所文書管理規則（平成17年10月１日付け環境政第051001007号。以下「文書管理規則」という。）の定めるところによるほか、この要領の定めるところによるものとする。
２ 許可
（申請書の様式）
（１）規則第２条第１項（第16条において準用する場合を含む）の申請書は別記様式第１－１、規則第６条第１項の申請書は別記様式第１－２、規則第22条第１項の申請書は別記様式第１－３によるものとする。
（申請内容の事前指導）
（２）申請に関し相談を受けたときは、申請に係る行為の内容及び申請書の内容が法、令、規則及び本要領に照らし適切なものとなるよう指導に努めるものとする。なお、指導に際しては、行政手続法（平成５年法律第88号）第32条から第36条までの規定に留意するものとする。
（申請書の審査等）
（３）申請書の提出があったときは、当該申請書について不備又は不足するものがないことを確認し、不備又は不足するものがある場合には申請者に補正させた上で、次に掲げる事項を審査する。
なお、申請書の補正の要求は、補正に要する相当の期間及び補正の内容を定めた文書により行うものとする。
- ① 保全計画との関係
- ② 行為地及びその付近の状況
- ③ 行為の施行方法の適否
- ④ 自然環境に及ぼす影響
- ⑤ 許否に関する意見及び許可する場合の条件
- ⑥ 他の法令の規定により、当該行為が行政庁の許可その他の処分、又は届出を必要とするものであるときは、その手続の進捗状況及び処分の見通し
- ⑦ 土地所有者の諾否
- ⑧ その他許可の判断に当たり必要な事項
（申請書の処理、進達等の方法）
（４）申請の内容が、規則第37条各号に定める地方環境事務所長権限に該当するもの（自然環境保全地域に係る許可申請）については、文書管理規則第25条の規定に基づき処理するものとする。地方環境事務所長権限に該当しないもの（原生自然環境保全地域に係る許可申請）については、（３）に掲げる事項を審査した調書を添えて、自然環境計画課長に進達するものとする。
なお、申請書に係る決裁、送付又は進達の方法は以下のとおりとする。
- ① 首席自然保護官が置かれていない自然保護官事務所における事務の処理及び決裁文書の送付は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 申請の内容が文書管理規則第25条により定められた首席自然保護官の専決事項に属するものである場合は、当該首席自然保護官に送付する。
- イ 申請の内容が文書管理規則第25条により定められた自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長を除き、高松事務所長を含む。）の専決事項に属するもの（アに係るものを除く。）である場合は、当該自然環境事務所長に送付する。
- ウ ア、イに掲げる場合以外の場合は、申請に係る地域を管轄する地方環境事務所長（釧路、長野又は那覇自然環境事務所の管轄区域に係るものは、それぞれ釧路、長野又は那覇自然環境事務所長）に送付する。
- ② 首席自然保護官が置かれている自然保護官事務所における事務の処理及び決裁文書の送付は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 申請の内容が文書管理規則第25条により定められた首席自然保護官の専決事項に属するものである場合は、自ら処理する。
- イ アに掲げる場合以外の場合は、申請に係る地域を管轄する地方環境事務所長（釧路、長野又は那覇自然環境事務所の管轄区域に係るものは、それぞれ釧路、長野又は那覇自然環境事務所長）に送付する。
- ③ 自然環境事務所（釧路、長野及び那覇自然環境事務所を除き、高松事務所を含む。）における事務の処理及び決裁文書の送付は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 申請の内容が文書管理規則第25条により定められた自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長を除き、高松事務所長を含む。）の専決事項に属するものである場合は、自ら処理する。
- イ アに掲げる場合以外の場合は、申請に係る地域を管轄する地方環境事務所長（松本自然環境事務所にあっては、長野自然環境事務所長）に送付する。
- ④ 自然環境事務所（釧路、長野及び那覇自然環境事務所に限る。）における事務の処理及び決裁文書の進達は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 申請の内容が文書管理規則第25条により定められた自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）の専決事項に属するものである場合は、自ら処理する。
- イ 地方環境事務所長権限に該当しないもの（原生自然環境保全地域に係る許可申請）については、（３）に掲げる事項を審査した調書を添えて自然環境計画課長に進達する。
- ウ 前各号に掲げる場合以外の場合は、北海道、中部又は九州地方環境事務所長に送付する。
（処理期間）
（５）原則として、申請書の提出があった日から起算して１か月以内に、処理又は進達するものとする。
自然環境局自然環境計画課においては、申請書の進達があった日から起算して原則として３週間以内に処理するものとする。
ただし、申請書の内容の不備その他により指導を要する場合はこの限りではない。
（許可の拒否）
（６）相当の期間を経過しても申請書の不備等が補正されない場合は、速やかに行政手続法第７条の規定に沿って申請により求められた許可を拒否（返戻）する処分を行うものとする。
- ① 申請の内容が規則第37条各号に定める地方環境事務所長権限に該当するもの（自然環境保全地域に係る許可申請）については、地方環境事務所長が許可を拒否する処分を行うものとする。
- ② 申請の内容が規則第37条各号に定める地方環境事務所長権限に該当しないもの（原生自然環境保全地域に係る許可申請）については、地方環境事務所長、又は自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）が許可の拒否が相当である旨の意見を付して、自然環境計画課長に進達するものとする。
（許可の拒否又は不許可処分に当たっての理由の提示）
（７）許可を拒否又は不許可の処分を行う場合は、行政手続法第８条の規定により、処分の内容を通知する書面（以下「指令書」という。）にその理由を明示するものとする。
（各種行為の主従の判断）
（８）工作物を新築しようとする際に木竹の伐採、土地の形質変更等を伴う場合など、許可申請の内容に、法第17条第１項各号又は法第25条第４項第26条第３項第６号及び第27条第３項に掲げる行為のうち複数の行為が含まれている場合であって、行為の主従の判断が可能なものにあっては、主たる行為を許可対象行為とし、その他の行為は、関連行為として申請書にその旨明記させるものとする。ただし、次に掲げる場合及び主たる行為以外の行為として申請されている内容が主たる行為に伴って通常必要とされる行為の範囲を超えると判断される場合には、それぞれの行為を許可対象行為とする。
- ① 工作物の新築のための敷地を造成するために水面を埋め立てる場合には、水面の埋立及び工作物の新築として取り扱う。
- ② 鉄塔（やぐら）を設けボーリングを行う場合は、工作物の新築及び土石の採取として取り扱う。
（相関連した諸行為の取扱い）
（９）一定の計画に基づいて行う相関連した諸行為については、あらかじめ当該計画の概要を当初の許可申請書に添付させることにより、当初の申請に対する処分とその後の申請に対する処分が矛盾しないよう措置するものとする。
（許可内容の確定及び許可に際しての条件）
（10）許可に際して、行為の目的、期間又は着手若しくは完了の日を許可の内容として確定する必要がある場合、その他法第17条第２項（法第25条第５項、法第26条第４項並びに法第27条第４項において準用する場合を含む。）の規定による条件を付する必要がある場合には、これらの事項を、処分の内容を通知する書面において明示するものとする。
（行為完了の報告）
（11）行為の内容又は付せられた条件が履行されないことにより、自然環境に著しい支障を及ぼすおそれがある場合には、許可に際し、行為完了後において行為が完了したことを報告すべき旨を、当該許可の条件として明示するものとする。
（許可後における内容の変更手続）
（12）規則第２条第１項、第16条及び第22条第１項に規定する申請内容又は法第17条第２項、第25条第５項、第26条第４項及び第27条第４項に規定する条件により確定された工事の着手若しくは完了の日の内容を、当該許可を受けた後に変更しようとする場合は、新たな申請を行わせるものとする。
なお、この場合において許可申請書の備考欄に、既に許可を受けたものの変更である旨、当該許可の日及び番号並びに許可に付された条件、その他必要な事項を記載させるものとする。
ただし、申請者が当初の許可申請者と同一人である場合に限る。
３ 届出等
（届出書の様式）
- （１）規則第26条第１項の届出書は、別記様式第２によるものとする。
- （２）規則第33条第１項の届出書は、別記様式第３によるものとする。
- （３）規則第35条第１項（第36条において準用する場合を含む。）の届出書は、別記様式第４によるものとする。
（届出書の受理等）
（４）届出書が提出されたときは、当該届出書について不備又は不足がないことを確認し、不備又は不足がある場合には、相当の期間を定め届出者に補正させた上で、文書管理規則第25条の規定に基づき当該届出書を受理するものとする。
なお、この受理した日をもって法第28条第２項に規定される「届出のあつた日」及び同条第４項に規定される「届出をした日」として取り扱うものとする。
（普通地区内における行為の届出内容の事前指導）
（５）普通地区内における行為の届出に関し相談を受けたときは、申請に係る行為の内容及び申請書の内容が法、令、規則及び本要領に照らし適切なものとなるよう指導に努めるものとする。なお、指導に際しては、行政手続法第32条から第36条までの規定に留意するものとする。
（普通地区内における行為の届出に関する審査等）
（６）受理した届出書については、次に掲げる事項について審査し、法第28条第２項の規定により、届出に係る行為の禁止、制限又は必要な措置を命ずる必要があると認められるときは、同項に規定する期限内に行為の禁止、制限又は必要な措置を命じるものとする。
ただし、届出書の内容の不備その他の事由により指導を要する場合はこの限りではない。
- ① 保全計画との関係
- ② 行為地及びその付近の状況
- ③ 行為の施行方法の適否
- ④ 自然環境に及ぼす影響
- ⑤ 禁止制限措置に関する意見
- ⑥ 他の法令の規定により、当該行為が行政庁の許可その他の処分、又は届出を必要とするものであるときは、その手続の進捗状況及び処分の見通し
- ⑦ 土地所有者の諾否
- ⑧ その他禁止制限措置の判断に当たり必要な事項
（届出書の処理等の方法）
（７）文書管理規則第25条の規定に基づき処理するものとし、決裁又は送付の方法は以下のとおりとする。
- ① 首席自然保護官が置かれていない自然保護官事務所における事務の処理及び決裁文書の送付は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 届出の内容が文書管理規則第25条により定められた首席自然保護官の専決事項に属するものである場合は、当該首席自然保護官に送付する。
- イ 届出の内容が文書管理規則第25条により定められた自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長を除き、高松事務所長を含む。）の専決事項に属するもの（アに係るものを除く。）である場合は、当該自然環境事務所長に送付する。
- ウ ア、イに掲げる場合以外の場合は、届出に係る地域を管轄する地方環境事務所長（釧路、長野又は那覇自然環境事務所の管轄区域に係るものは、それぞれ釧路、長野又は那覇自然環境事務所長）に送付する。
- ② 首席自然保護官が置かれている自然保護官事務所における事務の処理及び決裁文書の送付は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 届出の内容が文書管理規則第25条により定められた首席自然保護官の専決事項に属するものである場合は、自ら処理する。
- イ アに掲げる場合以外の場合は、届出に係る地域を管轄する地方環境事務所長（釧路、長野又は那覇自然環境事務所の管轄区域に係るものは、それぞれ釧路、長野又は那覇自然環境事務所長）に送付する。
- ③ 自然環境事務所（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長を除き、高松事務所を含む。における事務の処理及び決裁文書の送付は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 届出の内容が文書管理規則第25条により定められた自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長を除き、高松事務所長を含む。）の専決事項に属するものである場合は、自ら処理する。
- イ アに掲げる場合以外の場合は、届出に係る地域を管轄する地方環境事務所長（松本自然環境事務所にあっては、長野自然環境事務所長）に送付する。
- ④ 自然環境事務所（釧路、長野及び那覇自然環境事務所に限る。）における事務の処理及び決裁文書の進達は、次に掲げるとおり行うものとする。
- ア 届出の内容が文書管理規則第25条により定められた自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）の専決事項に属するものである場合は、自ら処理する。
- イ 前各号に掲げる場合以外の場合は、北海道、中部又は九州地方環境事務所長に送付する。
（各種行為の主従の判断）
（８）普通地区内における各種行為の主従の判断については、２(７)に定めるところに準じて取り扱うものとする。
（普通地区内における行為の届出に係る着手制限期間の短縮）
（９）法第28条第５項の規定により、同条第４項に規定する着手制限期間を短縮しようとする場合は、届出者にその旨を通知するものとする。
（特別地区等と普通地区にまたがる行為の取扱い）
- （10）普通地区内において届出を要する行為が特別地区等内で許可を要する行為と同一の者により一体的に行われる場合には、普通地区内行為届出書を特別地区等内の許可申請書と合わせて提出し、許可申請書の添付図面等中に届出に係る行為の内容を示させることとする。
- （11）普通地区内の行為に対して禁止、制限又は必要な措置を命ずる処分を行う必要があるか否かを、特別地区内の行為の許可申請の審査と同時に行う必要があると認めるときは、法第28条第３項の規定の例により、法第28条第２項の規定による命令を行うことができる期間を延長するものとする。
４ 国等が行う行為の取扱い
（国等が行う行為に対する準用）
（１）法第21条第１項（法第30条において準用する場合を含む。）の規定により、国の機関が行う行為に係る協議又は地方公共団体が行う行為に係る協議及び同意は、２（１）から（12）までに定めるところに準じて取り扱うものとする。
（法第21条第２項の規定による通知の受理）
（２）法第21条第２項（法第30条において準用する場合を含む。）の規定により、法第17条第３項、第25条第７項、第27条第６項又は第28条第１項の規定による届出の例による通知があった場合には、３（４）、（５）、（７）、（８）及び（10）に定めるところに準じて取り扱うものとする。
５ 不利益処分
（不利益処分の場合の弁明等）
法第28条第２項に基づき禁止、制限又は必要な措置を命ずる場合、又は法第30条に基づき中止等を命ずる場合には、行政手続法第29条から第31条までの規定により、弁明の機会を付与するものとし、処分に当たっては、行政手続法第14条の規定により、処分の内容を通知する書面にその理由を明示するものとする。
６ 報告
（処理件数の報告）
地方環境事務所長及び自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）は、２（６）に定める許可の拒否及び原生自然環境保全地域又は自然環境保全地域に係る以下のものに関し、前年度分の処理件数を毎年５月末日までに自然環境局長に別記様式第５により報告するものとする。
- ① 法第25条第４項、第26条第３項又は第27条第３項の規定に係る許可
- ② 法第30条において準用する法第21条の規定に係る協議及び同意
- ③ 法第17条第３項、第25条第７項若しくは第９項、第27条第６項若しくは第８項、第28条第１項、規則第19条第３号ニ、第21条第３号ロ又は第25条第７号の規定に係る届出の受理
- ④ 法第21条第２項、規則第３条８号、第19条第３号ハ及びニ若しくは第８号リ、第21条第３号イ若しくはロ又は第25条第６号若しくは第７号の規定に係る通知の受理
なお、自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）は、当該報告を地方環境事務所長を経由して行うこと。
また、自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長を除き、高松事務所長を含む。）及び首席自然保護官は、上記許可及び協議又は届出及び通知の受理に関し、処理件数を四半期ごとに地方環境事務所長又は自然環境事務所長（釧路、長野又は那覇自然環境事務所長）に報告するものとする。
７ 違反行為
（違反行為の予防及び発見）
（１）地方環境事務所長及び自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）並びに自然保護取締官は、許可又は届出に関して次に掲げる方法により違反行為の予防及び発見に努めるものとする。
- ① 関係地方公共団体と連携して保全地域内及び周辺地域の住民、事業者等に対し、法令の趣旨及び規定の内容を機会あるごとに周知させること。
- ② 保全地域の区域図及び保全計画図を常に整理し、関係者の求めに応じ随時供覧できるよう備えること。
- ③ 巡視を励行すること。
- ④ 申請者又は届出者に対し、許可処分を受ける前又は着手制限期間の経過前に行為に着手しないよう指導すること。
- ⑤ 条件を付して許可された行為又は届出に当たり行為を制限され若しくは必要な措置を命ぜられたものについては、当該条件又は制限若しくは措置命令の履行を監督すること。
（違反行為に対する措置）
（２）地方環境事務所長及び自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）並びに自然保護取締官は、許可又は届出に関して違反行為を発見したときは、次に掲げる措置を講ずるものとする。
- ① 違反行為の中止を勧告すること。
- ② 地方環境事務所長及び自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）は、自然環境保全地域等に係る違反行為に関する違反事実をできる限り正確に把握し、規則第37条各号に規定する地方環境事務所長の権限に該当しないものについては、当該違反行為の概要、原状回復その他必要な措置に関する意見等を別紙様式第６により速やかに自然環境局長に報告する。地方環境事務所長の権限に該当するものについては、地方環境事務所長が自ら原状回復その他必要な措置を講じること。
- ③ 違反行為の態様が悪質である等、特に必要があると認める場合は、刑事訴訟法（昭和23年法律第131号）第239条及び第241条の規定により告発の手続きをとること。なお、告発に当たっては、あらかじめ司法当局と調整を行うとともに、自然環境局長に連絡すること。
- ④ 違反行為が他の法令の規定による違反行為と重複するときは、速やかに当該法令に係る関係行政機関に連絡すること。
- ⑤ 行為の中止を勧告した時点で、当該違反行為により災害の発生の可能性があると認められる場合には、早急に災害防止のための応急措置がとられるよう取りはからうこと。
（違反行為に対する原状回復命令等）
（３）法第18条（法第30条において準用する場合を含む。）の規定により原状回復等を命ずる場合には、行政手続法第29条から第31条の規定により、弁明の機会を付与するものとし、処分に当たっては、行政手続法第14条の規定により指令書にその理由を記載するものとする。
８ 立入検査等
（職員による立入検査等）
地方環境事務所長及び自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）は、法第29条第１項の規定による立入、検査又は調査を管下の職員に行わせる必要があると認めるときは、当該職員に対し、立入、検査又は調査の実施を指示する地方環境事務所長の指示書を交付すること。
９ 損失補償
（損失補償請求書の送付）
地方環境事務所長及び自然環境事務所長（釧路、長野及び那覇自然環境事務所長に限る。）は、法第33条第２項（同条第５項において準用する場合を含む。）に規定する環境大臣に対する損失補償請求書の提出を受けたときは、次の各号に掲げる事項及び資料からなる詳細な調書を添えて、自然環境計画課長に送付するものとする。
- （１）損失補償請求の原因となった行為許可申請書及び指令書の写し
- （２）損失補償請求に至るまでの経緯
- （３）請求理由及び請求額の当否に関する意見並びにこれを証する資料
- （４）その他補償額を決定する上で参考となる事項及び資料
10 書類の交付等
（不許可処分等に係る指令書の交付の取扱い）
次に掲げる不許可、禁止、原状回復命令等の処分に係る指令書の交付に当たっては、処分の内容を名あて人に確実に伝達するとともに、処分のあったことを知った日を明確にするため、当該指令書を直接名あて人に交付の上、捺印のある受領書を受ける、又は配達証明扱いで郵送することにより交付することとする。
- （１）法第17条第１項ただし書の規定による許可申請に対する不許可処分
- （２）法第18条第１項の規定による原状回復命令等の処分
- （３）法第19条第３項第５号の規定による許可申請に対する不許可処分
- （４）法第25条第４項の規定による許可申請に対する不許可処分
- （５）法第26条第３項第６号の規定による許可申請に対する不許可処分
- （６）法第27条第３項の規定による許可申請に対する不許可処分
- （７）法第28条第２項の規定による普通地区における行為の禁止、制限等の処分及び同条第３項の規定による期間の延長の処分