一般国際法上、駐留を認められた外国軍隊には特別の取り決めがない限り接受国の法令が適用されず、このことは日本に駐留する米軍についても同様です。一方で、同じく一般国際法上、米軍や米軍人などが我が国で活動するに当たって、日本の法令を尊重しなければならない義務を負っており、日米地位協定にも、これを踏まえた規定がおかれています（第16条）。
在日米軍施設・区域において生じた環境問題については、必要に応じて、日米地位協定に基づく日米合同委員会或いはその下部機関として設置されている環境分科委員会（ESC：Environmental Subcommittee−日本側代表：環境省水・大気環境局総務課長、米国側代表：在日米軍司令部第4部部長）の枠組みを通じて協議し対処しております。
在日米軍による環境保護及び安全のための取り組みは、米国防省の策定した基準に沿って、環境に関し、我が国の国内法上の基準と米国の国内法上の基準のうち、より厳格なものを選択するとの基本的な考え方の下で、在日米軍が作成する「日本環境管理基準（JEGS：Japan Environmental Governing Standards）」に従って行われることとされております。平成13年8月には、環境分科委員会の下にJEGS作業部会が設けられ、JEGS見直しに関する日米間の協力強化が図られています。なお、JEGSは通常2年ごとに更新されます。また、平成12年9月の日米安全保障協議委員会において発出された、在日米軍施設・区域に関する環境問題についての情報交換や施設・区域への適切なアクセスの提供等を謳った「環境原則に関する共同発表（仮訳(リンク：外務省[PDF])／英語版(リンク：外務省[PDF])）」においても、環境保護及び安全のための在日米軍による取り組みは、日米の関連法令のうちより厳しい基準を選択するとの基本的考えの下で作成されるJEGSに従って行われる旨が確認されています。