絶滅のおそれのある野生生物の情報を的確に把握し、第5次レッドリストの公表に向けたレッドリストの見直し作業を行います。第5次レッドリストは2024年度に一部の分類群について公表することを目指しています。絶滅危惧種のうち、人為の影響により存続に支障を来す事情のある種については、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（平成4年法律第75号。以下「種の保存法」という。）に基づく国内希少野生動植物種に指定し捕獲や譲渡等を規制するほか、生息地等保護区の指定や、個体の繁殖の促進や生息地等の整備・保全等が必要と認められる種について保護増殖事業を実施します。事業の実施に当たっては生息域内保全を基本としつつ、動植物園等と連携しながら生息域外保全や野生復帰の取組を進めます。また、絶滅のおそれの高い種や個体群について、生殖細胞や種子等の保存を進め、絶滅危惧種の絶滅リスクの低減と遺伝資源の確保に努めます。さらに、定量的な目標設定の下、生息・生育状況の改善を図り、事業を完了する事例を創出することなどにより、効果的な保全を推進します。さらに、国際的に協力して種の保存を図るため、ワシントン条約及び二国間渡り鳥条約等に基づいて指定した国際希少野生動植物種の流通管理を徹底します。そして、改正法施行日（2018年6月）以後5年を経過したことから、種の保存法附則及び附帯決議に基づき、規定の施行評価及び講ずべき措置の検討を進めます。
野生鳥獣に高病原性鳥インフルエンザ等の感染症が発生した場合や、油汚染事故による被害が発生した場合に備えて、サーベイランス、情報収集、人材育成等を行います。
近年、我が国においては、ニホンジカやイノシシ等の野生鳥獣が全国的に分布を拡大し、希少な高山植物の食害など生態系被害、生活環境被害、農林水産業被害が深刻化しています。ニホンジカ・イノシシについては、2013年度に策定した2023年度までに個体数を半減する目標（2011年度比）の期限を2028年度まで延長し、引き続き捕獲対策を強化します。また、クマ類については、人の生活圏への出没による人身被害の発生が増加していることから、地域個体群の存続を維持しつつ、人の生活圏への出没防止によって人とクマ類の空間的なすみ分けを図るための対策を推進します。これらの捕獲の担い手の確保・育成、捕獲技術の開発、生息環境管理、被害防除、広域的な管理等の取組を進めます。さらに、ジビエ利用量を2019年度の水準から2025年度までに倍増させる目標も踏まえ、ジビエ利用拡大を考慮した狩猟者の育成等の取組を進めジビエ利用拡大を図ります。
外来種対策については、特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（平成16年法律第78号）に基づき、特定外来生物の新規指定、輸入・飼養等の規制、生物多様性保全上重要な地域における防除事業や「要緊急対処特定外来生物」であるヒアリ類を始めとする侵入初期の侵略的外来種の防除事業の実施、国際協力の推進、ビジネスセクターを含む多様な主体の参加、適正な飼養等の確保のための普及啓発等、総合的な外来種対策を推進します。また、これらの取組の更なる推進を図るため、「外来種被害防止行動計画」、「生態系被害防止外来種リスト」の改定等を行います。
遺伝子組換え生物については、環境中で使用する場合の生物多様性への影響について事前に的確な評価を行うとともに、生物多様性への影響の監視を進めます。また、研究開発段階における遺伝子組換え生物の使用の円滑化に向けて必要な措置について、今後検討を進めることとしています。
動物の愛護及び管理に関する法律（昭和48年法律第105号）、愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律（平成20年法律第83号）及び愛玩動物看護師法（令和元年法第50号）に基づき、動物の虐待防止や適正な飼養等の動物愛護に係る施策及び動物による人への危害や迷惑の防止等の動物の適正な管理に係る施策を総合的に進めます。