2020年3月に第4次レッドリストの第5回改訂版となる「レッドリスト2020」を公表し、我が国の絶滅危惧種は3,716種となりました。このことから、海洋生物レッドリスト（2017年3月公表）における絶滅危惧種56種を加えると、我が国の絶滅危惧種の総数は3,772種となりました。第5次レッドリストから、これまで陸域と海域で分かれていた検討体制を統合するとともに、陸域・海域を統合したレッドリストを作成することとし、2020年3月に公表した「レッドリスト作成の手引」に基づき、次期レッドリストの評価作業を進めました。なお、2012年度に公表した第4次レッドリスト掲載種の分布や生態、減少要因等を紹介した「レッドデータブック2014」を2014年度に取りまとめています。
2017年5月に絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律（平成29年法律第51号）が成立、6月に公布され、2018年6月から施行されました。本改正法においては、商業目的での捕獲等のみを規制することができる特定第二種国内希少野生動植物種制度の創設、国際希少野生動植物種の流通管理の強化等が行われました。
種の保存法に基づく国内希少野生動植物種については、2020年12月に、鳥類1種、昆虫類2種、貝類18種、植物18種の計39種を指定しました（2021年1月施行）。2021年3月時点で395種の国内希少野生動植物種について、捕獲や譲渡し等の規制を行っています。そのうち、2021年1月に新たに策定した3種（ミヤコカナヘビ、フサヒゲルリカミキリ、ウスイロヒョウモンモドキ）を含む67種について54の保護増殖事業計画を策定し、生息地の整備や個体の繁殖等の保護増殖事業を行っています（図2-5-1）。また、同法に基づき指定している全国9か所の生息地等保護区において、保護区内の国内希少野生動植物種の生息・生育状況調査、巡視等を行いました。
ワシントン条約及び二国間渡り鳥条約等に基づき、国際的に協力して種の保存を図るべき807分類を国際希少野生動植物種に指定しています。
絶滅のおそれのある野生動植物の保護増殖事業や調査研究、普及啓発を推進するための拠点となる野生生物保護センターを、2020年3月末時点で8か所で設置しています。
トキについては、2020年に野生下において推定85羽が巣立ち、2020年12月時点で推定442羽の生存が確認されました。また、佐渡島において2020年6月及び9月に合計34羽を放鳥しました。
ライチョウについては、2015年から乗鞍岳で採取した卵を用いて飼育・繁殖技術確立のための取組を7施設で行い、繁殖に成功しています。また、過去にライチョウが生息していた中央アルプスでの個体群復活に向け、飼育下のライチョウが産んだ卵を用いた野生復帰事業及び乗鞍岳からの野生下のライチョウ3家族の移送を実施しました。
そのほか、猛禽（きん）類の採餌環境の改善にも資する間伐の実施等、効果的な森林の整備・保全を行いました。
沖縄島周辺海域に生息するジュゴンについては、漁業関係者等との情報交換を進めるとともに、過去にジュゴンの目撃情報のあった海域を始め、これまでに調査していなかった海域も対象として、先島諸島等におけるジュゴンの喰み跡等のモニタリング調査やジュゴンの目撃情報等の収集を実施しました。
トキ、ツシマヤマネコ、ヤンバルクイナ、ライチョウなど、絶滅の危険性が極めて高く、本来の生息域内における保全施策のみでは近い将来、種を存続させることが困難となるおそれがある種について、飼育下繁殖を実施するなど生息域外保全の取組を進めています。
2014年に公益社団法人日本動物園水族館協会と環境省との間で締結した「生物多様性保全の推進に関する基本協定書」に基づき、ツシマヤマネコ、ライチョウ、アマミトゲネズミ、ミヤコカナヘビ、スジシマドジョウ類等の生息域外保全に取り組んでいます。個別の動物園・水族館ではなく協会全体として取り組んでもらうことで、園館間のネットワークを活用した一つの大きな飼育個体群として捉えて計画的な飼育繁殖を推進することが可能となっています。
絶滅危惧植物についても、2015年に公益社団法人日本植物園協会との間で締結した「生物多様性保全の推進に関する基本協定書」に基づき、生息域外保全や野生復帰等の取組について、一層の連携を図っています。さらに、新宿御苑においては、絶滅危惧植物の種子保存を実施しています。
絶滅危惧昆虫についても、全国の昆虫施設と連携し、ツシマウラボシシジミ、フサヒゲルリカミキリ、ウスイロヒョウモンモドキ、フチトリゲンゴロウ等の生息域外保全に取り組んでいます。一方で、環境省及び東京都が飼育下繁殖の実施等により生息域外での増殖に取り組んできたオガサワラシジミ（小笠原諸島固有種）について、2020年8月に飼育下の全ての個体が死亡し、繁殖が途絶えました。種の保存法に基づく保護増殖事業として実施している生息域外個体群が途絶えたのは初めてのことです。これを踏まえ、専門家を交え、飼育下個体が途絶えた原因の分析等を実施しました。2021年3月時点で8施設が認定希少種保全動植物園等として認定されています。
我が国には多様な野生鳥獣が生息しており、2014年に改正した鳥獣の保護及び管理並びに狩猟の適正化に関する法律（平成14年法律第88号。以下「鳥獣保護管理法」という。）に基づき、その保護及び管理が図られています。鳥獣保護管理法では、都道府県における鳥獣保護管理行政の基本的な事項を「鳥獣の保護及び管理を図るための事業を実施するための基本的な指針」（以下「基本指針」という。）として定めることとされていますが、各都道府県では、2016年10月に策定した第12次基本指針に基づき、科学的な知見に基づく鳥獣保護管理事業が進められているところです。
2020年5月に鳥獣保護管理法の施行から5年が経過したことから、鳥獣保護管理法の施行状況と鳥獣保護管理に関する社会状況の変化を踏まえた課題と対応方針を整理するとともに、基本指針改定に向けた検討を進めました。
鳥獣管理の強化に伴う懸念への対応として、鉛製銃弾の使用による鳥類への影響を科学的に把握するために鉛中毒症例等の必要な情報収集や効果的なモニタリング体制の構築に取り組みました。また、科学的かつ計画的な鳥獣管理を進めるために情報システムの整備と運用を進めるとともに、2021年度に予定している次期システムへの更改に向け、システムの機能強化等に向けた検討を行いました。
都道府県における第一種特定鳥獣保護計画及び第二種特定鳥獣管理計画の作成促進や鳥獣の保護及び管理のより効果的な実施を図るため、特定鳥獣5種（イノシシ、ニホンジカ、クマ類、ニホンザル、カワウ）の保護及び管理に関する技術的な検討を行うとともに、都道府県職員等を対象としたオンライン研修会を開催しました。
都道府県による科学的・計画的な鳥獣の管理を支援するため、統計手法を用いて、ニホンジカ及びイノシシの個体数推定及び将来予測を実施しました。
鳥獣の広域的な保護管理のため、東北、関東、中部近畿及び中国四国の各地域において、カワウ広域協議会を開催し、関係者間の情報共有等を行いました。また、関東山地におけるニホンジカ広域協議会では、広域保護管理指針及び実施計画（中期・年次）に基づき、関係機関の連携の下、各種対策を推進しました。絶滅のおそれのある地域個体群である四国山地のツキノワグマについては、広域保護指針に基づき、広域協議会による知見の集積や情報共有が進みました。
渡り鳥の生息状況等に関する調査として、鳥類観測ステーション等における鳥類標識調査、ガンカモ類の生息調査等を実施しました。また、出水平野（鹿児島県）に集中的に飛来するナベヅル、マナヅル等の保護対策として、生息環境の保全、整備等の事業を実施しました。
希少鳥獣でありながらも漁業被害をもたらす北海道えりも地域のゼニガタアザラシについて、個体群管理や被害対策防除を進め個体群動態に係るモニタリング等の手法を確立することを目的として策定した「えりも地域ゼニガタアザラシ特定希少鳥獣管理計画（第2期）」に基づき、漁網の改良等による被害防除対策や、科学的分析による個体群管理を実施しました。
鳥獣の生息環境の改善や生息地の保全を図るため、国指定片野鴨池鳥獣保護区において保全事業を実施しました。
野生生物保護についての普及啓発を推進するため、愛鳥週間（毎年5月10日から5月16日）行事の一環として東京都において第73回愛鳥週間「全国野鳥保護のつどい」を開催したほか、第54回目となる小・中学校及び高等学校等を対象として野生生物保護の実践活動を発表する「全国野生生物保護実績発表大会」等を開催しました。
近年、ニホンジカやイノシシ等の一部の鳥獣については、急速に生息数が増加するとともに生息域が拡大し、その結果、自然生態系や農林水産業等への被害が拡大・深刻化しています。こうした状況を踏まえ、2013年に、環境省と農林水産省が共同で「抜本的な鳥獣捕獲強化対策」を取りまとめ、当面の目標として、ニホンジカ、イノシシの個体数を10年後（2023年度）までに2011年度と比較して半減させることを目指すこととしました。特に2020年の秋からは、半減目標を達成するため、各都道府県や関係機関と連携し、捕獲活動を抜本的に強化する「集中捕獲キャンペーン」を展開しました。
2015年5月に施行された鳥獣保護管理法においては、都道府県が捕獲等を行う指定管理鳥獣捕獲等事業や捕獲の担い手の確保・育成に向けた認定鳥獣捕獲等事業者制度の創設など、「鳥獣の管理」のための新たな措置が導入されました。
指定管理鳥獣捕獲等事業は、集中的かつ広域的に管理を図る必要があるとして環境大臣が指定した指定管理鳥獣（ニホンジカ及びイノシシ）について、都道府県又は国の機関が捕獲等を行い、適正な管理を推進するものです。国は指定管理鳥獣の捕獲等の強化を図るため、都道府県が実施する指定管理鳥獣捕獲等事業に対し、交付金により支援を行っています。2020年度においては、43道府県等で当該事業が実施されました。
認定鳥獣捕獲等事業者制度は、鳥獣保護管理法に基づき、鳥獣の捕獲等に係る安全管理体制や従事者の技能・知識が一定の基準に適合し、安全を確保して適切かつ効果的に鳥獣の捕獲等を実施できる事業者を都道府県が認定するもので、42都道府県において153団体が認定されています（2021年3月時点）。
また、狩猟者については、1970年度の約53万人から2012年度には約18万人まで減少しました。2016年度には約20万人と微増してはいるものの、2008年度以降は60歳以上の狩猟者が全体の6割を超えており、依然として高齢化が進んでいることから、引き続き捕獲等を行う鳥獣保護管理の担い手の育成が求められています。このため、政府において、狩猟免許の取得年齢の引下げ、狩猟の魅力を紹介する「狩猟の魅力まるわかりフォーラム」の開催、鳥獣保護管理に係る専門的な人材を登録し紹介する事業など、様々な取組を行いました。
農林水産業への被害防止等の観点から、侵入防止柵の設置、捕獲活動や追払い等の地域ぐるみの被害防止活動、捕獲鳥獣の食肉（ジビエ）利用の取組等の対策を進めるとともに、鳥獣との共存にも配慮した多様で健全な森林の整備・保全等を実施しました。また、ニホンジカによる森林被害の防止に向けて、広域かつ計画的な捕獲のモデル的実施、捕獲等の新技術の開発・実証に対する支援等を行いました。さらに、トドによる漁業被害防止対策として、出現状況等の調査や改良漁具の実証試験等を行いました。
これらの取組の実施により、ニホンジカ及びイノシシの捕獲数は増加し、2014年度をピークに、推定個体数は減少傾向にあると考えられています（図2-5-2、図2-5-3）。
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2004年以降、野鳥及び家禽（きん）において、高病原性鳥インフルエンザウイルスが確認されていることから、「野鳥における高病原性鳥インフルエンザに係る対応技術マニュアル」（以下「マニュアル」という。）に基づき、渡り鳥等を対象として、ウイルス保有状況調査を全国で実施し、その結果を公表しました。2020年10月末に韓国での発生状況を踏まえ、野鳥のサーベイランス（調査）における全国の対応レベルを「対応レベル2」に引き上げ、その後、国内でも複数箇所で発生したことにより、11月には最高レベルとなる「対応レベル3」に引き上げ、全国で野鳥の監視を強化しました。その後も国内の野鳥及び家禽（きん）において、高病原性鳥インフルエンザウイルスの発生が確認されているため、早期発見・早期対応を目的とした野鳥のサーベイランスを都道府県と協力しながら実施するとともに、高病原性鳥インフルエンザの発生地周辺10km圏内を野鳥監視重点区域に指定し、野鳥の監視を一層強化しました。
高病原性鳥インフルエンザの発生や感染拡大等に備えた予防対策に資するため、人工衛星を使った渡り鳥の飛来経路や国指定鳥獣保護区等への渡り鳥の飛来状況の調査を実施し、環境省ウェブサイトを通じて情報提供等を行いました。
2018年9月には岐阜県の農場において、国内で26年ぶりとなる豚熱（CSF）が発生しました。その後、野生イノシシでも感染が拡大しています。こうした事態を受け、環境省では、農林水産省からの通知に基づき各都道府県が実施する野生動物のサーベイランスに協力したほか、捕獲従事者や狩猟者等に対して豚熱及びアフリカ豚熱（ASF）の効果的な防疫措置の実施を図るため、2019年12月に農林水産省と共同で「CSF・ASF対策としての野生イノシシの捕獲等に関する防疫措置の手引き」を公表し、都道府県担当者や捕獲従事者等向けのオンライン研修会を開催しました。さらに、豚熱の感染拡大防止を図るため、野生イノシシの捕獲強化に向けた取組を指定管理鳥獣捕獲等事業交付金で支援するとともに、農林水産省が主催する野生イノシシ対策会議に事務局として参加し、野生イノシシ対策の強化に向けて関係各都府県と意見交換を実施しました。
その他の野生鳥獣が関わる感染症について情報収集、発生時の対応の検討等を行いました。
外来種とは、人によって本来の生息・生育地からそれ以外の地域に持ち込まれた生物のことです。そのような外来種の中には、我が国の在来の生物を食べたり、すみかや食べ物を奪ったりして、生物多様性を脅かす侵略的なものがおり、地域ごとに独自の生物相や生態系が形成されている我が国の生物多様性を保全する上で、大きな問題となっています。国内の絶滅危惧種のうち、爬虫類の7割以上、両生類の5割以上の減少要因として外来種が挙げられています。更には食害等による農林水産業への被害、咬（こう）傷等による人の生命や身体への被害や、文化財の汚損、悪臭の発生、景観・構造物の汚損など、様々な被害が及ぶ事例が見られます。
近年、より一層貿易量が増えるとともに、輸入品に付着することにより非意図的に国内に侵入する生物が増加しています。2017年6月に国内で初確認された南米原産のヒアリについて、確認件数は、2021年3月までに16都道府県で64事例に上りました。環境省では、地元自治体や関係行政機関等と協力して発見された個体を駆除するとともに、リスクの高い港湾においてモニタリング調査を実施するなど、ヒアリの定着を阻止するための対策を実施しています。2019年10月の東京港青海ふ頭に続き、2020年9月に名古屋港飛島ふ頭で多数の女王アリが確認されたため、周辺地域を含め重点的な調査・防除を行いました。両地点では、事後モニタリングについても特に強化して実施します。また、外来種の導入経路の一つである生きている動物（ペット等）の輸入量は、1990年代をピークに減少傾向にありますが、これまで輸入されなかった種類の生物が新たに輸入されるなど、新たなリスクが存在していると言えます。
このような外来種の脅威に対応するため、特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（平成16年法律第78号。以下「外来生物法」という。）に基づき、我が国の生態系等に被害を及ぼすおそれのある外来種を特定外来生物として指定し、輸入、飼養等を規制しています。
2020年11月2日には外来ザリガニ類（アメリカザリガニを除く）等を新たに特定外来生物に指定し、特定外来生物は合計156種類（7科、13属、4種群、123種、9交雑種）となっています（図2-5-4）。また、2014年の改正外来生物法施行から5年が経過したことから、2020年2月に外来生物法の施行状況の検討に着手し、そこで明らかになった課題を踏まえて具体的な制度の検討を進めています。
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外来種被害予防三原則（「入れない」、「捨てない」、「拡げない」）について、多くの人に理解を深めてもらえるよう、主にペット・観賞魚業界等を対象にした普及啓発や、外来種問題に関するパネルやウェブサイト等を活用した普及啓発を実施しています。
マングースやアライグマ、オオクチバス等の既に国内に侵入し、地域の生態系へ悪影響を及ぼしている外来種の防除や、ヒアリやツマアカスズメバチ、オオバナミズキンバイ等の近年国内に侵入した外来種の緊急的な防除を行いました。加えて、特定外来生物以外についても、全国に分布し生態系等に大きな影響を与えているアメリカザリガニについての防除や普及啓発手法の検討等を進めました。
生物の多様性に関する条約のバイオセーフティに関するカルタヘナ議定書（以下「カルタヘナ議定書」という。）を締結するための国内制度として定められた遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成15年法律第97号。以下「カルタヘナ法」という。）に基づき、2021年3月末時点で459件の遺伝子組換え生物の環境中での使用が承認されています。また、日本版バイオセーフティクリアリングハウス（ウェブサイト）を通じて、法律の枠組みや承認された遺伝子組換え生物に関する情報提供を行ったほか、主要な三つの輸入港周辺の河川敷において遺伝子組換えナタネの生物多様性への影響監視調査等を行いました。
動物の愛護及び管理に関する法律（昭和48年法律第105号。以下「動物愛護管理法」という。）に基づき、ペットショップ等の事業者に対する規制を行うとともに、動物の飼養に関する幅広い普及啓発を展開することで、動物の愛護と適正な管理の推進を図ってきました。2020年6月に改正動物愛護管理法が施行され、動物取扱業の更なる適正化と動物の不適切な取扱いへの対応強化のため、第一種動物取扱業者に対する勧告及び命令の制度の拡充、特定動物に関する規制の強化、愛護動物を虐待した場合の罰則の強化等が実施されました。この改正動物愛護管理法に基づき、ペットショップやブリーダー等の動物取扱業に係る犬猫の飼養管理基準の検討を行い、2021年6月の施行に向けてケージの大きさ、従業員の数、繁殖等に関する基準を具体化しました。また、販売される犬猫のマイクロチップ装着等義務化については、2022年6月の施行に向けて、所有者情報を登録するためのシステム構築を開始し、円滑な制度運用に向けて検討を進めました。
犬猫等の多頭飼育問題に対応するため、社会福祉施策と連携した多頭飼育対策に関する検討を行い、ガイドラインを策定しました。動物虐待事案への円滑な対応のために通報先一覧を取りまとめ、公表するとともに、行政・警察・関係機関の連携強化や虐待の該当性判断に対する法制的助言、獣医学的助言を得るための体制構築に取り組みました。
都道府県等に引き取られる犬猫の数は、2004年度比80％減となる8.6万頭となりました。引き取られた犬猫の返還・譲渡率も50％を超え、殺処分数は約3.3万頭（2004年度比約92％減）まで減少しました（図2-5-5）。
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都道府県等が引き取った収容動物の譲渡及び返還を促進するため、都道府県等の収容・譲渡施設の整備に係る費用の補助を行いました。また、愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律（ペットフード安全法）（平成20年法律第83号）については、基準の改正の検討を進めました。
広く国民に動物の愛護と適正な飼養について啓発するため、関係行政機関や団体との協力の下、「人も動物も幸せに～考えよう、共にくらす社会～」をテーマに、動物愛護週間中央行事として「2020動物愛護オンラインシンポジウム」を全国に配信しました。
災害対策については、災害が頻発する時期を前に、2020年6月に全国の自治体に対し注意喚起等を行い、令和2年7月豪雨災害においては、ペット連れ被災者への支援等を行うために、九州地方等の自治体と連絡体制を構築して情報収集に当たりました。
愛玩動物看護師を国家資格として定める愛玩動物看護師法（令和元年法律第50号）については、愛玩動物看護師の養成に必要な科目や国家試験等の本法施行に必要な事項について検討を進めました。
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