海洋保護区は、海の生物多様性を保全する有効な手段な１つです。保全上重要度の高い海域を把握したうえで、関係者連携のもと、管理目的に合った制度を活用することが重要です。 なお、漁業資源の持続可能な利用を行う区域の設定の際には、利用と保全の調和を図ることが重要です。魚類の生活史をふまえて適切なゾーニングを行い、生物多様性の保全と持続可能な利用を図っていくことが重要です。あわせて、海洋保護区を設定する際には、継続的な観察（モニタリング）とその検証による政策の見直し（順応的管理）を行うことが重要です。専門家や市民など様々な関係者が参画して、順応的管理を行うための体制づくりが望まれます。

また、海洋保護区の効果を評価するための基準や手法を検討することも重要な研究課題です。

海洋保護区の効果を発揮させるためには、保護区間のネットワーク化が重要とされており、広域的な視点で考えることが求められます。特定の海域において、様々な管理目的による保護区を組み合わせ、一つの管理計画もしくは十分に調和された複数の管理計画によって一体的な保全策を講じることは、ネットワーク化の一例といえます。

あわせて、行政・民間を問わず、様々なレベルで保護区を管理するための連携体制が形成されることも重要です。