沖合の海底の自然環境の保全を図るための新たな海洋保護区（以下「沖合海底自然環境保全地域」という。）制度の措置を講ずる自然環境保全法の一部を改正する法律（平成31年法律第20号）が、2020年4月に施行され、2020年12月に、小笠原方面の沖合域に沖合海底自然環境保全地域を4地域（伊豆・小笠原海溝、中マリアナ海嶺・西マリアナ海嶺北部、西七島海嶺、マリアナ海溝北部）指定しました。指定後、同地域では継続して、自然環境の状況把握調査を実施しており、2024年9月には中マリアナ海嶺・西マリアナ海嶺北部沖合海底自然環境保全地域において調査を行いました。
有明海・八代海等における海域環境調査、東京湾等における水質等のモニタリング、海洋短波レーダを活用した流況調査、水産資源に関する調査等を行いました。
2021年3月に策定した「サンゴ礁生態系保全行動計画2022-2030」について、具体的な評価指標の検討を行いました。また、関係省庁、関係地方自治体等の各主体が取り組む具体的な活動の進捗状況を確認するため、関係者が参加するフォローアップ会議を開催しました。
2018年12月に改正された漁業法（昭和24年法律第267号。以下「漁業法」という。）において、水産資源の管理は、持続的に生産可能な最大の漁獲量の達成を目標とした数量管理を基本としており、2024年3月に公表した「資源管理の推進のための新たなロードマップ」に従って、TAC（漁獲可能量）管理対象資源の拡大や資源管理協定の公表等に取り組みました。また、［1］ミンククジラ等の生態、資源量、回遊経路等の解明に資する調査、［2］ヒメウミガメ、シロナガスクジラ、ジュゴン等の原則採捕禁止等、［3］サメ、ウナギ等に関する国内管理措置等の検討やウミガメ等の混獲の実態把握及び回避技術・措置の検討、普及を図りました。
海岸保全施設の整備においては、海岸法（昭和31年法律第101号）の目的である防護・環境・利用の調和に配慮した整備を実施しました。
港の良好な自然環境を活用し、自然環境の大切さを学ぶ機会の充実を図るため、地方公共団体やNPO等による自然体験・環境教育プログラム等の開催の場ともなる緑地・干潟等の整備を推進するとともに、海洋環境整備船等による漂流ごみ・油の回収を行いました。また、海辺の自然環境を活かした自然体験・環境教育を行う「海辺の自然学校」等の取組を推進しました。
2024年3月に策定した「三水域（港湾・河川・漁港）におけるプレジャーボートの適正な管理を推進するための今後の放置艇対策の方向性」に基づき、各水域が所在する地域の実情を踏まえ、プレジャーボートの適正管理及び利用環境の改善を推進しました。
漁港・漁場では、水産資源の持続的な利用と豊かな自然環境の創造を図るため、漁場の環境改善を図るための堆積物の除去等の整備を行う水域環境保全対策を実施したほか、水産動植物の生息・繁殖に配慮した構造を有する護岸等の整備を実施しました。また、藻場・干潟の保全・創造等を推進したほか、漁場環境を保全するための森林整備に取り組みました。大規模に衰退したサンゴの効率的・効果的な保全・回復を図るため、サンゴ礁の面的な保全・回復技術の開発に取り組みました。
第4章第4節を参照。