2020年3月に公表した環境省レッドリスト2020では、我が国の絶滅危惧種は3,716種となっています。これに、海洋生物レッドリスト（2017年3月公表）における絶滅危惧種56種を加えると、我が国の絶滅危惧種の総数は3,772種となります。2024年度以降に公表予定の第5次レッドリストから、これまで陸域と海域で分かれていた検討体制を統合するとともに、陸域・海域を統合したレッドリストを作成することとし、2020年3月に公表した「レッドリスト作成の手引」に基づき、次期レッドリストの評価作業を進めました。
2017年5月に絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律の一部を改正する法律（平成29年法律第51号）が成立、6月に公布され、2018年6月から施行されました。本改正法においては、商業目的での捕獲等のみを規制することができる特定第二種国内希少野生動植物種制度の創設、希少野生動植物種の保存を推進する認定希少種保全動植物園等制度の創設、国際希少野生動植物種の流通管理の強化等が行われました。
種の保存法に基づく国内希少野生動植物種については、2023年1月に、両生類1種、昆虫類8種、甲殻類1種、植物5種の計15種を指定しました。2023年3月時点で442種の国内希少野生動植物種について、捕獲や譲渡し等の規制を行っています。同法に基づき実施する保護増殖事業については、直近で2021年度に2種（オガサワラカワラヒワ、ハカタスジシマドジョウ）を追加し、計75種について56の保護増殖事業計画を策定し、生息地の整備や個体の繁殖等の保護増殖事業を行っています（図2-5-1）。また、同法に基づき指定している全国10か所の生息地等保護区において、保護区内の国内希少野生動植物種の生息・生育状況調査、巡視等を行いました。
ワシントン条約及び二国間渡り鳥条約等に基づき、国際的に協力して種の保存を図るべき812分類を国際希少野生動植物種に指定しています。
絶滅のおそれのある野生動植物の保護増殖事業や調査研究、普及啓発を推進するための拠点となる野生生物保護センターを全国で8か所設置しています。
トキについては、佐渡島での野生復帰の取組により、2022年12月末時点で約545羽の生存が野生下で確認され、安定的に推移しています。この佐渡島における順調な野生復帰の進捗を背景に、本州等における個体群形成に向け、2022年8月にトキと共生する里地づくり取組地域として5地域を選定しました。
ライチョウについては、2015年から乗鞍岳で採取した卵を用いて飼育・繁殖技術確立のための取組を7施設で行い、繁殖に成功しています。また、過去にライチョウが生息していた中央アルプスでの個体群復活に向け、野生復帰の取組を実施しました。
そのほか、猛禽（きん）類の採餌環境の改善にも資する間伐の実施等、効果的な森林の整備・保全を行いました。
沖縄島周辺海域に生息するジュゴンについては、漁業関係者等との情報交換や喰（は）み跡のモニタリング調査を行うとともに、先島諸島等において、喰み跡の確認等の生息状況調査、目撃情報等の収集、保全に関する勉強会等を実施しました。
トキ、ツシマヤマネコ、ヤンバルクイナ、ライチョウなど、絶滅の危険性が極めて高く、本来の生息域内における保全施策のみでは近い将来、種を存続させることが困難となるおそれがある種について、飼育下繁殖を実施するなど生息域外保全の取組を進めています。
2014年に公益社団法人日本動物園水族館協会と環境省との間で締結した「生物多様性保全の推進に関する基本協定書」に基づき、ツシマヤマネコ、ライチョウ、アマミトゲネズミ、ミヤコカナヘビ、スジシマドジョウ類等の生息域外保全に取り組んでいます。個別の動物園・水族館ではなく協会全体として取り組んでもらうことで、園館間のネットワークを活用した一つの大きな飼育個体群として捉えて計画的な飼育繁殖を推進することが可能となっています。
絶滅危惧植物についても、2015年に公益社団法人日本植物園協会との間で締結した「生物多様性保全の推進に関する基本協定書」に基づき、生息域外保全や野生復帰等の取組について、一層の連携を図っています。さらに、新宿御苑においては、絶滅危惧植物の種子保存を実施しています。
絶滅危惧昆虫についても、全国の昆虫施設と連携し、ツシマウラボシシジミ、フサヒゲルリカミキリ、ウスイロヒョウモンモドキ、フチトリゲンゴロウ等の生息域外保全に取り組んでいます。一方で、環境省及び東京都が飼育下繁殖の実施等により生息域外での増殖に取り組んできたオガサワラシジミ（小笠原諸島固有種）について、2020年8月に飼育下の全ての個体が死亡し、繁殖が途絶えました。これを踏まえ、専門家を交え、飼育下個体が途絶えた原因の分析等を実施しました。
なお、2023年3月時点で15施設が認定希少種保全動植物園等として認定されており、希少種の生息域外保全や普及啓発の取組が進められています。
我が国には多様な野生鳥獣が生息しており、鳥獣保護管理法に基づき、その保護及び管理が図られています。鳥獣保護管理法では、都道府県における鳥獣保護管理行政の基本的な事項を「鳥獣の保護及び管理を図るための事業を実施するための基本的な指針」（以下「基本指針」という。）として定めることとされており、各都道府県では、2021年10月に策定した第13次基本指針に基づき、科学的な知見に基づく鳥獣保護管理事業が進められています。
鉛製銃弾の使用による鳥類への影響を科学的に評価するため、鳥類の鉛汚染の効果的なモニタリング体制の構築に取り組むとともに、影響評価の方法の検討を行いました。また、科学的かつ計画的な鳥獣管理を進めるために情報システムの整備と運用を進めるとともに、次期システムへの更改に向け、システムの機能強化等に向けた検討を行いました。
都道府県における第一種特定鳥獣保護計画及び第二種特定鳥獣管理計画の作成促進や鳥獣の保護及び管理のより効果的な実施を図るため、特定鳥獣5種（イノシシ、ニホンジカ、クマ類、ニホンザル、カワウ）の保護及び管理に関する技術的な検討を行うとともに、都道府県職員等を対象としたオンライン研修会を開催しました。
都道府県による科学的・計画的な鳥獣の管理を支援するため、統計手法を用いて、ニホンジカ及びイノシシの個体数推定及び将来予測を実施しました。
鳥獣の広域的な保護管理のため、東北、関東、中部近畿及び中国四国の各地域において、カワウ広域協議会を開催し、関係者間の情報共有等を行いました。また、関東山地におけるニホンジカ広域協議会では、広域保護管理指針及び実施計画（中期・年次）に基づき、関係機関の連携の下、各種対策を推進しました。絶滅のおそれのある地域個体群である四国山地のツキノワグマについては、広域保護指針に基づき、広域協議会による知見の集積や情報共有が進みました。
渡り鳥の生息状況等に関する調査として、鳥類観測ステーション等における鳥類標識調査、ガンカモ類の生息調査等を実施しました。また、出水平野（鹿児島県）に集中的に飛来するナベヅル、マナヅルについては、2022年11月以降高病原性鳥インフルエンザによる大量死も発生したことから、鹿児島県及び出水市と協力して、野鳥の監視や死亡野鳥の迅速な回収等を実施しました。
希少鳥獣でありながらも漁業被害をもたらす北海道えりも地域のゼニガタアザラシについて、個体群管理や被害対策防除を進め個体群動態に係るモニタリング等の手法を確立することを目的として策定した「えりも地域ゼニガタアザラシ特定希少鳥獣管理計画（第2期）」に基づき、漁網の改良等による被害防除対策や、科学的分析による個体群管理を実施しました。
鳥獣の生息環境の改善や生息地の保全を図るため、国指定片野鴨池鳥獣保護区において保全事業を実施しました。
野生生物保護についての普及啓発を推進するため、愛鳥週間（毎年5月10日～5月16日）行事の一環として第76回愛鳥週間「全国野鳥保護のつどい」をオンライン形式にて実施したほか、第56回目となる小・中学校及び高等学校等を対象として野生生物保護の実践活動を発表する「全国野生生物保護活動発表大会」等を開催しました。
近年、ニホンジカやイノシシ等の一部の鳥獣については、生息数が増加するとともに生息域が拡大し、生態系や農林水産業等への被害が拡大・深刻化しています。このような状況を踏まえ、2013年に、環境省と農林水産省が共同で「抜本的な鳥獣捕獲強化対策」を取りまとめ、当面の目標として、ニホンジカ、イノシシの個体数を10年後の2023年度までに2011年度と比較して半減させることを目指し、捕獲の強化を進めています。これらの取組により、ニホンジカ及びイノシシの個体数は2014年度をピークに減少傾向が継続していると推定されています（図2-5-2、図2-5-3）。
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2015年5月に施行された鳥獣保護管理法においては、都道府県が捕獲等を行う指定管理鳥獣捕獲等事業や捕獲の担い手の確保・育成に向けた認定鳥獣捕獲等事業者制度の創設など、「鳥獣の管理」のための新たな措置が導入されました。
指定管理鳥獣捕獲等事業は、集中的かつ広域的に管理を図る必要があるとして環境大臣が指定した指定管理鳥獣（ニホンジカ及びイノシシ）について、都道府県又は国の機関が捕獲等を行い、適正な管理を推進するものです。国は指定管理鳥獣の捕獲等の強化を図るため、都道府県が実施する指定管理鳥獣捕獲等事業に対し、交付金により支援を行っています。2022年度においては、44道府県等で当該事業が実施されました。
認定鳥獣捕獲等事業者制度は、鳥獣保護管理法に基づき、鳥獣の捕獲等に係る安全管理体制や従事者の技能・知識が一定の基準に適合し、安全を確保して適切かつ効果的に鳥獣の捕獲等を実施できる事業者を都道府県が認定するもので、44都道府県において161団体が認定されています（2023年3月時点）。
また、狩猟者については、1970年度の約53万人から2012年度には約18万人まで減少しましたが、2016年度以降には20万人を超え、微増傾向にあります。一方、2008年度以降は60歳以上の狩猟者が全体の6割を超えており、依然として高齢化が進んでいることから、引き続き捕獲等を行う鳥獣保護管理の担い手の育成が求められています。高度な知識や技術を有する捕獲の担い手の確保・育成に向けた検討や狩猟の魅力を伝えるための映像作成、鳥獣保護管理に係る専門的な人材を登録し紹介する事業等を行いました。
農林水産業への被害防止等の観点から、市町村を中心とした侵入防止柵の設置、捕獲活動や追払い等の地域ぐるみの被害防止活動、都道府県が行政界をまたいで行う広域捕獲活動、捕獲鳥獣の食肉（ジビエ）利用の取組等の対策を進めるとともに、鳥獣との共存にも配慮した多様で健全な森林の整備・保全等を実施しました。また、ニホンジカによる森林被害の防止に向けて、林業関係者による捕獲効率向上対策、捕獲等の新技術の開発・実証に対する支援等を行いました。さらに、トドによる漁業被害防止対策として、出現状況等の調査や改良漁具の実証試験等を行いました。
2004年以降、野鳥、飼養鳥及び家（か）きんにおいて、高病原性鳥インフルエンザウイルスが確認されていることから、「野鳥における高病原性鳥インフルエンザに係る対応技術マニュアル」に基づき、渡り鳥等を対象として、ウイルス保有状況調査を全国で実施し、その結果を公表しました。また、国内での発生状況を踏まえ、2022年10月に野鳥のサーベイランス（調査）における全国の対応レベルを最高レベルとなる「対応レベル3」に引き上げ、全国で野鳥の監視を強化しました。その後も国内の野鳥、飼養鳥及び家（か）きんにおいて、高病原性鳥インフルエンザウイルスが確認されているため、早期発見・早期対応を目的とした野鳥のサーベイランスを都道府県と協力しながら実施するとともに、高病原性鳥インフルエンザの発生地周辺10km圏内を野鳥監視重点区域に指定し、野鳥の監視を一層強化しました。
高病原性鳥インフルエンザの発生や感染拡大等に備えた予防対策に資するため、国指定鳥獣保護区等への渡り鳥の飛来状況の調査等を実施し、環境省ウェブサイトを通じて情報提供等を行いました。
2018年9月に岐阜県の農場において、国内で26年ぶりとなる豚熱が発生し、その後、野生イノシシでも感染が拡大しています。こうした状況を受け、環境省では、農林水産省と連携し、各都道府県が実施する野生イノシシのサーベイランスに協力しました。また、豚熱の感染拡大防止を図るため、野生イノシシの捕獲強化に向けた取組を指定管理鳥獣捕獲等事業交付金で支援するとともに、野生イノシシ対策の強化に向けて関係機関と情報共有等を実施しました。
我が国における野生鳥獣に関する感染症について広く情報収集し、生物多様性保全の観点でのリスク評価を行うとともに、希少種等への感染症リスクを低減するための野生鳥獣の保護管理手法の検討等を行いました。
外来種とは、人によって本来の生息・生育地からそれ以外の地域に持ち込まれた生物のことです。そのような外来種の中には、我が国の在来の生物を食べたり、すみかや食べ物を奪ったりして、生物多様性を脅かす侵略的なものがおり、地域ごとに独自の生物相や生態系が形成されている我が国の生物多様性を保全する上で、大きな問題となっています。国内の絶滅危惧種のうち、爬虫類の7割以上、両生類の5割以上の減少要因として外来種が挙げられています。さらには食害等による農林水産業への被害、咬（こう）傷等による人の生命や身体への被害や、文化財の汚損、悪臭の発生、景観・構造物の汚損など、様々な被害が及ぶ事例が見られます。
近年、より一層貿易量が増えるとともに、輸入品に付着することにより非意図的に国内に侵入する生物が増加しています。2017年6月に国内で初確認された南米原産のヒアリについて、確認件数は、2023年3月までに18都道府県で92事例に上りました。環境省では、地元自治体や関係行政機関等と協力して発見された個体を駆除するとともに、リスクの高い港湾においてモニタリング調査を実施するなど、ヒアリの定着を阻止するための対策を実施しています。2019年10月の東京港青海ふ頭、2020年9月の名古屋港飛島ふ頭、2021年9月の大阪港の三港湾の地面で大規模な集団が確認された事例に続き、2022年10月には広島県福山港においてコンテナ内で、70,000匹以上とこれまでにない大規模の集団が確認されたため、それぞれの地点において周辺地域を含め重点的な調査・防除を行いました。各地点では、事後モニタリングについても特に強化して実施しているところです。また、外来種の導入経路の一つである生きている動物（ペット等）の輸入量は、1990年代をピークに減少傾向にありますが、これまで輸入されなかった種類の生物が新たに輸入されるなど、新たなリスクが存在していると言えます。
このような外来種の脅威に対応するため、特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律（平成16年法律第78号）に基づき、我が国の生態系等に被害を及ぼすおそれのある外来種を特定外来生物として指定し、輸入、飼養等を規制しています。
2023年3月時点で特定外来生物は合計156種類（7科、13属、4種群、123種、9交雑種）となっています（図2-5-4）。また、2022年5月に特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律の一部を改正する法律（令和4年法律第42号）が成立し、ヒアリなど意図しない導入に関する対策の強化、アメリカザリガニやアカミミガメ対策のための規制手法の整備及び地方公共団体など各主体との防除の役割分担の明確化等により防除体制が強化されました。本改正に基づき、2022年11月にヒアリ類について要緊急対処特定外来生物に指定する政令の公布（2023年4月施行）、2023年1月にアメリカザリガニ及びアカミミガメについて、一般家庭等での飼養等や無償での譲渡し等を適用除外とする形で特定外来生物に指定する政令の公布（2023年6月施行）等を行いました。加えて、防除に関する考え方や方法等をまとめた「アメリカザリガニ対策の手引き」を公表し、防除の推進を図るとともに、アカミミガメの規制内容や終生飼養等についてSNSで発信し、周知しました。
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外来種被害予防三原則（「入れない」、「捨てない」、「拡げない」）について、多くの人に理解を深めてもらえるよう、主にペット・観賞魚業界等を対象にした普及啓発や、外来種問題に関するパネルやウェブサイト等を活用した普及啓発を実施しました。
マングースやアライグマ、オオクチバス等の既に国内に侵入し、地域の生態系へ悪影響を及ぼしている外来種の防除や、ツマアカスズメバチやオオバナミズキンバイ、スパルティナ属等の近年国内に侵入した外来種の緊急的な防除を行いました。
生物の多様性に関する条約のバイオセーフティに関するカルタヘナ議定書（以下「カルタヘナ議定書」という。）を締結するための国内制度として定められた遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成15年法律第97号。以下「カルタヘナ法」という。）に基づき、2023年3月末時点で496件の遺伝子組換え生物の環境中での使用が承認されています。また、日本版バイオセーフティクリアリングハウス（ウェブサイト）を通じて、法律の枠組みや承認された遺伝子組換え生物に関する情報提供を行ったほか、主要な三つの港湾周辺の河川敷において遺伝子組換えナタネの生物多様性への影響監視調査等を行いました。
動物の愛護及び管理に関する法律（昭和48年法律第105号。以下「動物愛護管理法」という。）に基づき、ペットショップ等の事業者に対する規制を行うとともに、動物の飼養に関する幅広い普及啓発を展開することで、動物の愛護と適正な管理の推進を図ってきました。2020年6月に改正動物愛護管理法が施行され、動物取扱業の更なる適正化と動物の不適切な取扱いへの対応強化のため、第一種動物取扱業者に対する勧告及び命令の制度の拡充、特定動物に関する規制の強化、愛護動物を虐待した場合の罰則の強化等が実施されました。この改正動物愛護管理法に基づき制定されたペットショップやブリーダー等の動物取扱業に係る犬猫の飼養管理基準について、2022年6月には、雌の交配年齢及び繁殖回数が新たに制限されたほか、既存の動物取扱業者に対しケージの大きさ、従業員一人当たりの飼養管理頭数の上限が適用されました（一部経過措置あり）。また、相談窓口を通じて都道府県等に助言等を行い、動物取扱業者規制の円滑な運用を推進しました。2022年6月からは、販売される犬猫のマイクロチップ装着等義務化が施行され、2022年11月末現在で約50万頭を超える犬猫の飼い主などの情報が登録されています。
都道府県等に引き取られた犬猫の数は、約5.9万頭（前年度から約1.4万頭減）となりました。引き取られた犬猫の返還・譲渡率は約76％となり、殺処分数は約1.4万頭（2004年度比約96％減）となりました（図2-5-5）。
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2021年に立ち上げた保護犬・保護猫の譲渡を促進するパートナーシッププロジェクト「つなぐ絆、つなぐ命」については、国民の理解と関心を深めるため、同プロジェクトのロゴマークを公募により決定しました。
都道府県等が引き取った動物の譲渡及び返還を促進するため、都道府県等の収容・譲渡施設の整備に係る費用の補助を行いました。
広く国民に動物の愛護と適正な飼養について啓発するため、関係行政機関や団体との協力の下、「大人も子どもも一緒に考えよう、私たちと動物」をテーマに、動物愛護週間中央行事としてオンラインシンポジウムや屋外イベントといった「どうぶつ愛護フェスティバル」を開催したほか、多くの関係行政機関等においても様々な行事が実施されました。
災害対策については、「ぼうさいこくたい2022」にブース出展して一般飼い主等への普及啓発を進めたほか、自治体におけるペット同行避難訓練実施を支援し、受入れ体制整備の支援を行いました。また、災害発生時にはペット連れ被災者への支援等を行うために自治体と連絡体制を構築して情報収集に当たりました。愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律（ペットフード安全法）（平成20年法律第83号）の内容について、普及啓発を行い、飼い主への正しいペットフードの扱い方に関する知識の普及やペットフードの安全性の確保を図りました。
愛玩動物看護師制度については、2022年5月の愛玩動物看護師法（令和元年法律第50号）の全面施行を受け、2023年4月の愛玩動物看護師誕生に向け、国家試験、名簿登録等の準備を進めました。