我が国では、全国的な観点から植生や野生動物の分布など自然環境の状況を面的に調査する自然環境保全基礎調査や、様々な生態系のタイプごとに自然環境の量的・質的な変化を定点で長期的に調査する「モニタリングサイト1000」等を通じて、全国の自然環境の現状及び変化状況を把握しています。
自然環境保全基礎調査における植生調査では、詳細な現地調査に基づく植生データを収集整理した1/2.5万現存植生図を作成しており、我が国の生物多様性の状況を示す重要な基礎情報となっています。平成27年度までに、全国の約77％に当たる地域の植生図の作成を完了しました。また、砂浜・泥浜の面積等の変化状況についても調査を実施しています。さらに、クマ等の動物調査を再開しました。
モニタリングサイト1000では、高山帯、森林・草原、里地里山、陸水域（湖沼及び湿原）、沿岸域（砂浜、磯、干潟、アマモ場、藻場及びサンゴ礁）、小島嶼（しょ）について、生態系タイプごとに定めた調査項目及び調査方法により、合計約1,000か所の調査サイトにおいて、モニタリング調査を実施し、その成果を公表しています。また、得られたデータは5年ごとに分析等を加え、取りまとめて公表しており、第3期の取りまとめに向けた検討を進めています。
また、インターネットを使って、全国の生物多様性データを収集共有化し、提供するシステム「いきものログ」については、より効率的に生物多様性データの収集と提供を行うための改修を行い、機能の充実と操作性の向上を図りました（http://ikilog.biodic.go.jp/（別ウィンドウ））。いきものログにより、平成27年度末時点で600万件を超える全国の生物多様性データが収集され、地方公共団体を始めとする様々な主体で活用されています。
地球規模での生物多様性保全に必要な科学的基盤の強化のため、アジア太平洋地域の生物多様性観測・モニタリングデータの収集・統合化等を推進する「アジア太平洋生物多様性観測ネットワーク（AP-BON）」のワークショップを2016年（平成28年）2月にタイで開催しました。また、第8回全球地球観測システム（GEOSS）アジア太平洋シンポジウムにおいて、AP-BON分科会を平成27年9月に中国で開催しました。さらに、東・東南アジア地域での生物多様性の保全と持続可能な利用のための生物多様性情報整備と分類学能力の向上を目的とする「東・東南アジア生物多様性情報イニシアティブ（ESABII）」を推進するために分類学能力構築の研修等を2015年（平成27年）10月にマレーシアで実施しました。
研究開発の取組としては、独立行政法人国立科学博物館において、「日本海周辺域の地球表層と生物相構造の解析」、「日本の生物多様性ホットスポットの構造に関する研究」等の調査研究を推進するとともに、約436万点の登録標本を保管し、これらの情報をインターネットで広く公開しました（http://www.kahaku.go.jp/research/（別ウィンドウ））。また、地球規模生物多様性情報機構（GBIF）の活動を支援するとともに、GBIF日本ノード（データ提供拠点）である独立行政法人国立科学博物館及び大学共同利用機関法人情報・システム研究機構国立遺伝学研究所と連携しながら、生物多様性情報をGBIFに提供しました。
第1節1を参照。
生物多様性及び生態系サービスに関する科学と政策の連携の強化を目的として設立された「生物多様性及び生態系サービスに関する政府間科学-政策プラットフォーム（IPBES）」の事務局の機能の一部である、アジア・オセアニア地域の生物多様性及び生態系サービスに関する評価の技術支援機関（TSU）が、我が国の提案に基づき、平成27年4月に公益財団法人地球環境戦略研究機関（IGES）に設置されました。IGESはTSUとして、平成30年までの3年間で専門家による執筆作業、執筆者会合開催、評価報告書作成等の支援を行います。また、IPBESの第4回総会が、2016年（平成28年）2月にマレーシア・クアラルンプールにて開催されました。同総会では、2014年（平成26年）から5か年の作業計画の履行状況の確認及び作業計画の見直しが行われたほか、「花粉媒介」及び「シナリオ分析」に関する評価報告書や、2016年（平成28年）修正予算、IPBES運用規則が承認されました。我が国はIPBESの国際的な議論に積極的に参画するとともに、IPBES作業計画に我が国の知見を効果的にインプットし作業計画に貢献するため、IPBESに関わる国内専門家及び関係省庁間における国内連絡会を平成27年11月に開催しました。
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