地球上には、様々な生態系が存在し、これらの生態系に支えられた多様な生物が存在しています。全世界の既知の総種数は約175万種で、このうち、哺乳類は約6,000種、鳥類は約9,000種、昆虫は約95万種、維管束植物は約27万種となっています。まだ知られていない生物も含めた地球上の総種数は大体500万～3,000万種の間という説が多いようです。
生物の進化の過程で多様化した生物の種の中には、人間活動によって絶滅の危機に瀕しているものがあり、既知の哺乳類、鳥類、両生類の種のおよそ10～30％に絶滅のおそれがあるとされています。
生物が減少する原因としては、森林の減少、外来種による生態系の喪失やかく乱、生物資源の過剰な利用などが挙げられます。例えば、世界の陸地面積の約3割を占める森林は、国連食糧農業機関（FAO）の世界森林資源評価によると、依然として熱帯林を中心に森林減少が続いています（年間約1,290万ha）。また、地球の表面の約70％を占める海洋では、ミレニアム生態系評価によると、生物多様性が豊かな沿岸域の生態系は人的活動により大きな影響を受け、藻場やサンゴの減少を招いており、20世紀末の数十年間で、世界のサンゴ礁の約20％が失われ、さらに20％が劣化しています。また、世界における水産物の需要は伸びている一方、海の水産資源の4分の1の魚種は、乱獲により著しく枯渇していると考えられています。特に食物連鎖の上位に位置する魚（マグロ、タラなど魚食の大型魚）の漁獲量が減少しており、海洋の生物多様性の低下が指摘されています。
IPCC第4次評価報告書において、今世紀末の地球の平均気温の上昇は、約1.8～4.0℃にもなると予測されています。
生物多様性は、気候変動に対して特に脆弱であり、同報告書によると、全球平均気温の上昇が1.5～2.5℃を超えた場合、これまでに評価対象となった動植物種の約20～30％は絶滅リスクが高まる可能性が高く、4℃以上の上昇に達した場合は、地球規模での重大な（40％以上の種の）絶滅につながると予測されています。
環境の変化をそれぞれの生きものが許容できない場合、「その場所で進化することによる適応」、「生息できる場所への移動」のいずれかで対応ができなければ、「絶滅」することになります。地球温暖化が進行した場合に、生物や生態系にどのような影響が生じるかの予測は科学的知見の蓄積が十分ではありませんが、島嶼、沿岸、亜高山・高山地帯など環境の変化に対して弱い地域を中心に、我が国の生物多様性にも深刻な影響が生じることは避けられないと考えられています。
我が国の既知の生物種数は9万種以上、分類されていないものも含めると30万種を超えると推定されており、約3,800万haという狭い国土面積（陸域）にもかかわらず、豊かな生物相を有しています。また、固有種の比率が高いことも特徴で、陸棲哺乳類、維管束植物の約4割、爬虫類の約6割、両生類の約8割が固有種です。先進国で唯一野生のサルが生息していることを始め、クマやシカなど数多くの中・大型野生動物が生息する豊かな自然環境を有しています。
このような生物相の特徴は、国土が南北に長さ約3,000kmにわたって位置し、季節風の影響によるはっきりした四季の変化、海岸から山岳までの標高差や数千の島嶼を有する国土、大陸との接続・分断という地史的過程などに由来するほか、火山の噴火や急峻な河川の氾濫、台風など様々なかく乱によって、多様な生息・生育環境がつくりだされてきたことによるものです。
海洋についても、黒潮、親潮、対馬暖流などの海流と列島が南北に長く広がっていることがあいまって、多様な環境が形成されています。沿岸域でも、地球の4分の3周に相当する約35,000kmの長く複雑な海岸線や豊かな生物相を持つ干潟・藻場・サンゴ礁など多様な生態系が見られます。このため、日本近海は同緯度の地中海や北米西岸に比べ海水魚の種数が多いのが特徴です。日本近海には、世界に生息する112種の海棲哺乳類のうち50種（クジラ・イルカ類40種、アザラシ・アシカ類8種、ラッコ、ジュゴン）、世界の約15,000種といわれる海水魚のうち約25％に当たる約3,700種が生息するなど、豊かな種の多様性があります。
大陸との接続・分断の歴史が、氷河期の遺存種など日本特有の生物相を形成してきました。また、渡り鳥やウミガメ、海の哺乳類の一部など野生動物はアジアを中心とする環太平洋諸国の国々から国境を越えて日本にやってきており、我が国の生物多様性は、アジア地域とのつながりが特に大きいといえます。
日本で見られる代表的な冬鳥であるマガン、オオハクチョウなどの多くは夏の間シベリアで繁殖し、寒い冬を日本などで過ごします。日本にやってくる夏鳥たちは、我が国の生息地の保全とともに、アジアの国々の越冬地が保全されていなければ生きていけません。日本で孵化したアカウミガメは、北アメリカ沿岸まで回遊して大きく成長し、また日本に戻って産卵を行っていますし、我が国の食文化にとって馴染みの深い日本などの河川に遡上するウナギも、北太平洋のマリアナ諸島沖で孵化していることが分かってきました。また、日本で孵化したサケがベーリング海などを回遊したり、日本で繁殖しているザトウクジラが北アメリカ沿岸を餌場としているなど、多くの回遊魚や海棲哺乳類が国境とは関係なく広い範囲の海を利用しています。これらの国境を越えて移動する動物を保全するためには、我が国における取組だけでなく、各国と協力した取組が必要です。
我が国では、全国的な観点から植生や野生動物の分布など自然環境の状況を面的に調査する自然環境保全基礎調査（緑の国勢調査。以下「基礎調査」という。）や、様々な生態系のタイプごとに自然環境の量的・質的な変化を定点で長期的に調査する重要生態系監視地域モニタリング推進事業（以下「モニタリングサイト1000」という。）等を通じて、全国の自然環境の現状及び変化状況を把握しています。
例えば、豊かな生物多様性を有するものの、近年、地球規模の気候変動による高水温、陸域からの表土流出、オニヒトデ等による悪影響が懸念されているサンゴ礁の生態系の概況は以下のとおりです。
2007年（平成19年）7月、沖縄県八重山地域では海水温が上昇し、大規模な造礁サンゴ類の白化現象が観察されました。石垣島周辺から西表島の間に広がる石西礁湖海域において、8月の調査で観察された白化現象は、1998年に世界規模で起こった白化現象に劣らない大規模なものでした。現在、白化による死亡率を調査し、2007年の被害状況を分析中です。また、造礁サンゴ類の群体の一部が徐々に壊死し、やがて全体が死滅してしまうホワイトシンドロームという病気が、沖縄県内各地で観察されています。石西礁湖では2003年（平成15年）頃から目立ち始め、その後急速に増加しています。2007年には奄美群島でも観察されており、沖縄県以外での今後の流行が懸念されます。オニヒトデについては、宮古島・八重干瀬では平成17年度に大発生があり、石垣島と西表島の間に位置する石西礁湖でも増加傾向で、今後のサンゴ礁生態系の劣化が懸念されます。
絶滅のおそれのある野生生物の種を「哺乳類」「鳥類」等の分類群ごとに取りまとめたレッドリストでは、種の絶滅のおそれの高い順に「絶滅危惧IA類」、「絶滅危惧IB類」、「絶滅危惧II類」、「準絶滅危惧」のカテゴリーに分類しています（表6－1－1）。このリストについて、平成14年度より第2次見直しのための検討を行い、平成19年8月までに、全10分類群の新たなレッドリストを作成し、公表しました。その結果、絶滅のおそれのある種は3,155種となり、日本に生息・生育する爬虫類、両生類、汽水・淡水魚類の3割強、哺乳類、維管束植物の2割強、鳥類の1割強に当たる種が、絶滅のおそれのある種に分類されています。
また、下北半島や西中国地域のツキノワグマ等のように生息地の分断などにより地域的に絶滅のおそれがある種もいる一方で、ニホンザル、ニホンジカやイノシシ等のように地域的に増加又は分布域を拡大して、農林業被害など人とのあつれきや自然生態系のかく乱を起こしている種もいます。
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