飯豊連峰・朝日連峰は、日本最大規模のブナを主体とする原生林が発達し、野生動物や植物の貴重な生息地となっているなど、原始性の高い自然が残っています。その一方で、登山道の荒廃が課題となっているのが現状です。国、県、市町村、民間団体等当該地域に関わる人たちで飯豊連峰保全連絡会・朝日連峰保全協議会を立ち上げ、原始性の高い当該地域の自然を維持していくために、10年以上も保全活動に取り組んでいます。
磐梯朝日国立公園には、特定外来生物のオオハンゴンソウやセイヨウタンポポなどの外来植物が侵入しており、裏磐梯や浄土平ではオオハンゴンソウを、月山では高山帯に侵入したセイヨウタンポポなどの除去作業を行っています。
雄国沼では、レンゲツツジやニッコウキスゲの時期にマイカー利用が集中するため、6月中旬から7月中旬までマイカー規制を行っています。代替の交通手段として協議会によりシャトルバス(有料)が運行されています。