平成17年度公共用水域水質測定結果によると、カドミウム等の人の健康の保護に関する環境基準（健康項目）の達成率は99.1％ですが、生活環境の保全に関する環境基準項目（生活環境項目）の1つであり、有機汚濁の代表的な水質指標であるBOD（又はCOD）の環境基準の達成率は83.4％でした。水域別に見ると、河川が87.2%、湖沼が53.4％、海域が76.0%です。特に、湖沼、内湾、内海等の閉鎖性水域で依然として達成率が低くなっており、CODで見ると、東京湾は63.2％、伊勢湾は50.0％、瀬戸内海は73.5％となっています。湖沼については、18年4月より改正湖沼水質保全特別措置法等を施行し、また農地、市街地等の非特定汚染源から発生する汚濁負荷対策について調査・検討し「湖沼水質のための流域対策の基本的考え方」をとりまとめました。さらに、閉鎖性水域における水環境の一層の改善を推進するために、21年度を目標年度とした第6次総量削減基本方針を策定しました。

地下水については、平成17年度の地下水質の概況調査結果によると、調査対象井戸の6.3％において環境基準を超過する項目が見られ、その中でも硝酸性窒素及び亜硝酸性窒素については、4.2％の井戸で環境基準を超えています。施肥、家畜排せつ物、生活排水等が汚染原因と見られており、その対策が緊急の課題となっています。

「健全な水循環系構築に関する関係省庁連絡会議」では、健全な水循環系の構築のため、情報交換及び施策相互の連携・協力を推進しています。

土壌は、一旦汚染されると有害物質が蓄積され汚染状態が長期にわたるという特徴を持っています。市街地等の土壌汚染問題については、近年、工場跡地の再開発等に伴い土壌汚染が判明する事例が増加しており、平成16年度に新たに土壌の汚染に係る環境基準又は土壌汚染対策法の指定基準を超える汚染が判明した事例は454件となっています。なお、このような土壌汚染に対し、土壌汚染対策法に基づく適切な土壌汚染対策の推進を図るとともに、対象物質、暴露経路等を拡充した総合的な土壌環境基準等の検討のための調査等を行いました。

地盤沈下は、地下水の過剰な採取により地下水位が低下し、粘土層が収縮するために生じます。平成17年度までに地盤沈下が認められている主な地域は37都道府県61地域となっています。かつて著しい地盤沈下を示した東京都区部、大阪市、名古屋市などでは、地下水採取規制等の対策の結果、地盤沈下の進行は鈍化あるいはほとんど停止しています。

しかし、新潟県南魚沼地域など一部地域では依然として地盤沈下が認められます。また、地盤沈下した海抜ゼロメートル地域などでは、洪水、高潮等による甚大な災害の危険性のある地域が少なくありません。そのため、地下水採取対策のほか、高潮対策、海岸保全施設整備などが進められています。