湖沼、内湾、内海等の閉鎖性水域の水質保全対策を推進するため、環境庁としては、次のような施策を講ずる。
　湖沼については、「湖沼水質保全特別措置法」に基づき、指定湖沼に指定された琵琶湖等6湖沼について、関係府県知事の策定による湖沼水質保全計画に基づいて各種規制措置のほか、下水道の整備その他の事業を総合的・計画的に推進する。また、湖沼の窒素及び燐に係る環境基準の類型指定を進める。さらに、新たに湖沼水質保全施策の効果把握調査を行うとともに、湖辺の自然環境等を活用して水質保全意識の啓もう普及を図るための調査を行う。
　湖沼に係る窒素・燐の排水規制については、窒素・燐に係る暫定排水基準適用業種が一般基準を達成するための対策の方途を取りまとめたマニュアルの策定のための調査を行うとともに、窒素の排水基準適用湖沼を指定するための調査を行う。
　東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海の水質総量規制については、新たな総量削減基本方針に基づいて策定される総量削減計画に基づき、生活系、産業系等の汚濁負荷量削減対策を推進するとともに、排水処理技術の開発状況等を把握するための調査、小規模工場・事業場に対する汚濁負荷量削減指導指針の作成のための調査及び事業者に対する測定技術の普及指導を行う。
　さらに、閉鎖性海域の水質保全を図るため、富栄養化防止に係る水質目標についての検討進めるとともに、新たに青湖の発生機構の解明等に関する調査等を行う。