閉鎖性水域である東京湾、伊勢湾、瀬戸内海等の内湾、内海及び琵琶湖等の湖沼について水質保全対策を推進するため、環境庁としては、次のような施策を講ずることとしている。
　湖沼については、59年7月に成立した湖沼水質保全特別措置法に基づく措置を進める。また、霞ヶ浦等について湖沼の窒素及び燐に係る環境基準の類型指定の作業を進めるとともに、都道府県知事の行う類型指定を促進するために、類型指定のための調査に要する費用の一部を、昨年度に引き続き補助する。その他、湖沼水質保全のための調査の実施等も含め、各種対策の総合的、計画的な推進を図る。
　湖沼の富栄養化を防止するため、昭和59年9月5日中央公害対策審議会より、「窒素及び燐の排水基準の設定について」として答申がなされたことを受け、所要の政令の改正等排水規制の実施のための作業を進める。これを踏まえ、窒素及び燐に係る排水規制の暫定基準適用業種が一般基準を達成するための対策の方途を取りまとめたマニュアルを策定するための調査を行うとともに、窒素の排水基準適用湖沼を指定するための調査を行う。
　海域については、窒素及び燐に係る水質目標の設定について検討を進める。また、東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海において実施している水質総量規制の着実な推進のため59年度を目標年度とする現行の総量削減基本方針を見直し、新たな総量規制基準の指導に係る調査を行うとともに総量規制の効果等の把握のための調査、総量規制の水質改善効果を把握するための汚濁機構の総合的解析のための調査等を行い、及び総量規制の適切な実施のため発生負荷量及び削減対策状況の総合的な調査解析を行う。また、事業者の測定技術レベルを向上させるための測定技術の普及指導を行うとともに総量規制対象地域における汚濁負荷量の効果的な監視体制の整備について助成を行う。
　また、赤潮対策の充実に資するため、赤潮対策調査等を実施する。