閉鎖性水域である東京湾、伊勢湾、瀬戸内海等の内湾、内海及び琵琶湖等の湖沼について水質保全対策を推進するため、次のような施策を講ずることとしている。
　水質総量削減計画の削減目標達成のため、東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海について発生負荷量及び削減対策状況の総合的な調査解析、総量規制の効果等のは握のための調査を行うとともに、事業者の測定技術レベルを向上させるため、測定技術の普及指導を行う。また、総量規制対象地域における汚濁負荷量の効果的な監視体制の整備について補助を行う。
　更に、琵琶湖について、汚濁物質の拡散、集積、湖流等の総合的な調査及び解析を引き続き実施する。
　富栄養化対策を推進するため、窒素に関する環境上の目標値に係る環境指導指針及び窒素、燐に関する工場・事業場からの排出を削減するための排出処理技術指導指針を策定するための調査を引き続き実施することとし、特に湖沼の富栄養化対策の総合的推進に資するため湖沼の富栄養化防止に係る環境基準の設定について検討を進める。
　また、東京湾において燐等の栄養塩類に係る実態調査を実施し、所要の対策を検討する。
　また、赤潮対策の充実に資するため、55年度に引き続き、赤潮発生機構総合解析調査、淡水赤潮対策調査を実施する。
　湖沼の環境保全対策を推進するため、湖沼の特性に応じた湖沼水質管理のあり方をとりまとめるために必要な調査を引き続き実施するとともに昭和56年1月中央公害対策審議会答申「湖沼環境保全のための制度のあり方について」を踏まえ所要の措置をとることとしている。