PCB、水銀等による汚染状況をは握するため、引き続き魚介類の汚染状況調査を行うこととし、PCBについては20水域、水銀等について131水域について調査を実施するほか、「海洋水産資源開発促進法」に基づく沿岸水産資源開発区域について、水質汚濁等による環境の悪化の防止を図るため、都道府県が実施する漁場環境調査に対し助成することとしている。また、50年度から新たに埋立て及び大量温排水の影響調査を実施し、事前評価の手法の開発に資することとしている。
　また、公害被害防止及び指導体制の整備を進めるため、49年度に引き続き、都道府県が行う漁業公害調査指導員、都道府県、水産庁を通ずる漁業公害調査指導事業について助成することとしている。
　更に、公害等により生産性の低下している漁場の回復を図るため、都道府県等が行う漁場の廃棄物除去等に対して引き続き助成し、50年度から新たに内水面をこの事業に加えることとしている。
　以上のほか、突発的漁業被害の発生時における原因究明のための試料採取等に必要な器具及び薬品、漁場油濁被害の防止軽減のための油処理剤、オイルフェンス及び油吸着材等、水銀及びPCB等の分析のための原子吸光分光光度計及びガスクロマトグラフの整備について都道府県に助成する。
　赤潮防止対策としては、瀬戸内海をモデル海域としてテレファックス等を用いて、漁協、府県、水産庁瀬戸内海漁業調整事務局を結ぶ赤潮関係の情報収集、処理通報体制を拡充し、新たに赤潮の発生予察、早期通報を行うとともに、赤潮発生時の避難、蓄養のための施設の設置を図るため、引き続き助成する。また、赤潮発生の基礎的要因の1つと考えられている汚染海底泥(へドロ)の2次公害を発生させない除去技術の事業化試験及び赤潮生物の回収、除去技術の事業化試験についても助成する。更に、49年度に瀬戸内海で行った漁場における汚染海底泥の調査に引き続き、50年度においては、伊勢、三河湾等において汚染海底泥のたい積分布状況、たい積量、性状等についての調査を行い、漁場の改良復旧の基礎資料を得ることとしている。
　公害による被害漁業者の救済対策としては、原因者不明の漁場油濁による被害漁業者等の救済を図るため、財団法人漁場油濁被害救済基金が、国の補助等及び産業界からの協力金により行う被害漁業者等に対する救済金の支給及び防除費、清掃費の助成等の事業を推進することとしている。また、「水銀等による水産動植物の汚染に係る被害漁業者等に対する資金の融通に関する特別措置法」等に基づく利子補給補助及び養殖共済赤潮特約に係る掛金の補助についても引き続き実施することとしている。