国立公害研究所は、49年3月15日発足したが、49年度は研究体制及び研究施設に重点を置いてその整備を進めてきた。研究部門にあっては研究用機器の一部を整備し、部門ごとにそれぞれの研究分野の基礎的な調査研究に着手し、環境情報部にあっては、環境情報システムの確立を目指して一部情報の収集整理を開始した。
(1)　機　構　定　員
　49年度には、48年度に発足した計測技術部と環境情報部に引き続き、環境科学に関する知見の総合的解析を行う総合解析部をはじめとして、人間活動による大気の汚染現象を解明する大気環境部、人間活動による水質及び土壌の汚染現象を解明する水質土壌環境部、環境汚染による人体影響の磯序の解明を行う環境生理部並びに環境悪化の生物及び生物系への影響を研究する生物環境部の5部を発足させた。
　この研究部門の拡充により、研究所全体の49年度末定員は、48年度の約2倍の86名となり、研究体制は一段と整備された。
(2)　施　設　整　備
　48年度末、研究第1棟が完成したのに続き、49年度中には、管理棟、廃棄物処理施設及び共通設備棟(エネルギーセンター)等の諸施設が完成し、各種研究用機材の配備とあいまって、研究所の基礎的な施設の整備が進められた。
　このほか、49年度には、48年度着手の生物実験用環境調節施設(バイオトロン)の建設を推進するとともに、水環境実験施設(アクアトロン等)及び大気化学実験操の建設に着手した。
(3)　研　究　体　制
　49年度においては、48年度に設置された計測技術部をはじめ、49年度新設の各研究部門の研究に必要な機器の整備を進めるとともに、50年度完成予定のバイオトロン及び大気化学実験施設の制御に関する準備的研究等基礎的な調査研究を開始した。
　また、情報部門においては、50年3月に大型電子計算機を導入したほか、環境情報システムの整備を進めるため、環境情報の収集整理を開始するとともに、国連環境計画(UNEP)の国際情報源照会制度(IRS)の国内準備調査として、我が国における「環境科学研究に関する調査」を実施するなど、その始動を見たところである。