3 閉鎖性水域等における水環境の保全

　水質改善が依然として進んでいない河川や閉鎖性水域等については、所要の調査解析等を行う。
　また、水質汚濁の著しい都市内河川、水道水源水域等の水質改善を図るため、水質汚濁防止法等に基づく排水規制、下水道等生活排水処理施設の整備や住民参加等による生活排水対策、河川等における浄化対策や流量の確保等の各種の施策を総合的に実施する。さらに身近な水辺の整備により、住民が水とふれあう機会を増やして住民一人一人の意識啓発を図る。
　湖沼については、「湖沼水質保全特別措置法」に基づく「湖沼水質保全計画」の策定されている琵琶湖や霞ヶ浦等10湖沼について、同計画に基づき、各種規制措置のほか、下水道の整備その他の事業を総合的・計画的に推進する。
　また、農地・市街地等の非特定汚染源から発生する汚濁負荷対策の効果を検討する調査等を行うとともに、指定湖沼における汚濁負荷量削減状況の把握に努める。さらに、雨天時に宅地や道路等の市街地から公共用水域に流入する汚濁負荷を削減するために新世代下水道支援事業制度水環境創造事業を推進するとともに、ヨシ等の生態系を活用した水質浄化施設の整備を進め、水質改善が緊要な湖沼について底泥処理など水質浄化対策の調査を行う。
　東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海においては、今後とも汚濁負荷量の一層の削減を図ることが必要であり、従来の化学的酸素要求量（COD）に加えて、新たに窒素及び燐を対象とした第5次水質総量規制の実施に向け検討を進める。
　湖沼及び海域の富栄養化対策として、全窒素及び全燐に係る環境基準類型指定を進めるとともに、富栄養化等の状況の把握及び窒素・燐の発生源対策に関する調査を行う。
　瀬戸内海については、「瀬戸内海環境保全特別措置法」に基づき、窒素及び燐に係る削減指導等の富栄養化防止対策、自然海浜の保全などの諸施策を引き続き推進する。また、従来の規制を中心とした保全型施策の充実に加え、失われた良好な環境を回復させる施策の展開等を図るため、瀬戸内海環境保全基本計画の変更について検討を進める。
　また、有機性汚泥が蓄積している河川、湖沼、港湾等の水域についてはしゅんせつ等の浄化対策を適切に実施する。