汚染底質対策として、熊本県では、昭和52年から平成２年にかけて、チッソ、国及び熊本県の負担により、除去基準値（水銀25ppm）以上の水銀を含有する水俣湾の底質の浚渫、埋立及び埋立地の造成が行われました。新潟県では、昭和51年に工場排水口周辺の除去基準値以上の水銀を含有する底質の浚渫が、昭和電工の負担により行われました。

水俣湾及び阿賀野川においては、これまで、水質、底質及び魚類の定期監視が継続的に行われてきました。平成17年度に熊本県及び新潟県が行った調査により、前年度に引き続き良好な海域及び河川環境であったことがわかりました。

今後とも水質、底質及び魚類の定期監視を継続し、特に水俣湾においては、埋立地の点検など、安全管理を行うことが重要です。