(1)　水質汚濁対策
　都市汚水等不特定多数の汚濁源による農業用水の水質汚濁に起因する農作物の生育阻害、農作業の能率低下、有害な農畜産物の生産等の防止を目的として、水源転換用排水路の分離等を行う水質障害対策事業を引き続き実施する。
(2)　畜産経営環境整備対策
　畜産経営に伴う環境汚染問題に対処するとともに、家畜排せつ物の有効利用を促進するため、従来の畜産経営環境保全対策事業を一層拡充強化し、畜産農家集団の組織化による複合経営の推進、畜産経営群と耕種経営群相互の有機的結合等による地域複合の促進及び家畜排せつ物の広域的処理流通体制の整備により、畜産経営の安定及び地域農業の推進を図る畜産複合地域環境対策事業を実施するほか、個別経営に対する濃密な指導、助言等を行う畜産経営環境保全総合対策指導事業に引き続き助成する。
　また、畜産主産地において、畜産経営に係る環境汚染の防止と経営規模拡大による高能率な畜産経営の育成を図るため、草地、家畜排せつ物処理施設等を総合的に整備する都道府県営及び団体営畜産経営環境整備事業に引き続き助成する。
　更に、畜産経営の環境保全に必要な施設の設置等に要する資金を、農林漁業金融公庫及び沖縄振興開発金融公庫から融資する。
(3)　農林水産関連企業公害対策
　食品産業等の公害の防止及び産業廃棄物処理の適正化を図るため、引き続き、農林水産関連企業に対し、情報の提供、公害防止技術の指導等を行うほか、公害防止管理者等の資格認定講習会及び研修会の開催、公害防止管理基準の作成等を行い、公害防止の指導を努めるとともに、排水規制等に十分対応できない工場等に対し都道府県が行う特別指導事業につき助成する。
　また、引き続き、食品産業廃棄物の適正処理及び肥料原料としての再資源化を図るための共同モデル施設の設置に助成するとともに、南九州地域(宮崎県及び鹿児島県)における甘しょでん粉工場の排水処理施設の整備の促進を図るほか、新たに、食品工場の排水に含まれる栄養塩類の削減のための指導マニュアルの作成に必要な実態調査を実施する。