PCB、水銀等による汚染状況をは握するため、引き続き魚介類の汚染状況調査を行うこととし、PCBについては20水域、水銀等については105水域について調査を実施するほか、「海洋水産資源開発促進法」に基づく沿岸水産資源開発区域及びその周辺水域における水質汚濁等による環境の悪化の防止を図るため、都道府県が実施する漁場環境調査に対し助成することとしている。また、海面の大規模な埋立てや大規模発電所の建設に伴う漁場の喪失や大量温排水について、漁業への影響の予測等の事前評価の手法の開発に関する総合的な調査を実施することとしている。
　水質汚濁等による漁業被害の発生防止とその軽減を図るため、全国的な調査指導体制の整備が進められているが、51年度においては、引き続いて都道府県に置かれている水産業改良普及員を主体とした都道府県、水産庁を通ずる漁業公害調査指導事業に助成する一方、漁業公害に対する認識を深めるため、公害防止啓もう宣伝事業として、映画やテレビの放映を行うこととしている。
　また、突発的漁業被害発生に対処して漁場油濁被害防止軽減のための油処理剤、散布器、オイルフェンス等の防止資器材の整備につき、都道府県に助成する。
　廃棄物のたい積等により生産力の低下している漁場に対し都道府県等が実施する廃棄物の除去、耕うん等の事業の助成を行うほか、50年度から沿岸漁場整備開発事業の一環として加わった大規模しゅんせつ等の事業に対して、引き続き助成することとしている。
　赤潮防止対策としては、瀬戸内海を対象に、テレファックス等を用いて、漁協、府県、水産庁(瀬戸内海漁業調整事務局)を結ぶ赤潮関係の情報収集、処理体制を拡充強化し、赤潮の発生予察、早期通報を行うとともに、51年度においては、その基礎資料収集のため新たに赤潮発生予察を目的とした調査を行うこととしている。また、赤潮発生時の避難、蓄養のための施設の設置や、赤潮発生の基礎的要因の1つと考えられる汚染海底でい(ヘドロ)の二次公害を発生させない除去技術の事業化試験に対して助成するとともに、ヘドロの実態についても、51年度は、大村湾、気仙沼湾において、そのたい積分布状況、たい積量、性状等についての調査を行い、漁場改良復旧の基礎資料を得ることとしている。
　公害による被害漁業者の救済対策としては、原因者不明の漁場油濁による被害漁業者等の救済を図るため、引き続き、財団法人漁場油濁被害救済基金が行う救済金の支給及び防除、清掃費の助成等の救済事業に対して補助する。また、水銀等による汚染問題に係る被害漁業者等に対する経営資金等の融資に対する利子補給補助及び養殖共済赤潮特約に係る掛金の補助についても、引き続き実施することとしている。