国立公害研究所は、49年3月15日に発足したが、49年度は発足直後であるので、当面は研究体制及び研究施設の整備に重点をおいてその整備を図っていく方針である。
(1)　機構定員
　48年度は、研究所発足に必要な基幹人員を確保するとともに環境汚染物質の計測方法を研究する計測技術部と、公害に関する内外の資料を収集整理し提供する機能をもつ環境情報部を発足させた。
　49年度は、環境科学に関する知見の総合的解析を行う総合解析部をはじめとして、人間活動による大気の汚染現象を解明する大気環境部、人間活動による水質及び土壌の汚染現象を解明する水質土壌環境部、環境汚染による人体影響の機序を研究する環境生理部並びに環境悪化の生物及び生態系への影響を研究する生物環境部の5部を発足させることとしている。なお、研究所全体の定員は、48年度の44人と49年度の増員42人を合わせ86人となる。
(2)　施設整備
　48年度までに着手した施設は、研究第1棟をはじめ、管理棟、廃棄物処理施設、共通設備棟及び生物実験用環境調節施設であるが、49年度は、更に水環境実験施設及び大気化学実験棟の建設に着手することとする。
(3)　研究推進の方針
　公害研究は極めて多くの分野にまたがるものであるので、国立公害研究所の研究推進の基本方針としては、研究所独自の基礎的研究やデータの長期的集積を行うとともに他の研究機関の研究成果をも合わせて総合的な解析を行い、人間と環境とのかかわりあいの根底にある基礎的問題を長期的視野に立って解明することに重点をおいている。
　このような総合的、学術的研究を推進する研究体制を確保するため、関連分野の研究者からなるプロジェクトチームの編成や大学、研究機関との協力及び大型研究施設の共同利用等を図ることとする。