水質汚濁防止法等に基づく排水規制、下水道や浄化槽、農業集落排水施設等生活排水処理施設の整備や住民参加等による生活排水対策、河川及び農業用用排水路等における浄化対策や流量の確保等の各種の施策を総合的に実施します。

湖沼については、湖沼水質保全特別措置法に基づく「湖沼水質保全計画」の策定されている琵琶湖や霞ヶ浦等10湖沼について、同計画に基づき、各種規制措置のほか、下水道及び浄化槽の整備その他の事業を総合的・計画的に推進します。湖沼水質保全特別措置法の一部改正を受け、湖沼に流入する汚濁負荷の一層の削減、水質浄化機能を確保するための湖辺の環境の適正な保護、住民の意見を踏まえた施策の推進等を図ります。また、より効果的な湖沼水質保全計画の策定に必要な非特定汚染源対策のためのガイドラインの整備等を推進します。さらに、閉鎖性水域等における既存の単独処理浄化槽の浄化槽への転換については、単独処理浄化槽の撤去を交付金の対象とする措置の拡充により推進します。また、閉鎖性水域における窒素及びりんの削減を図るため、引き続き閉鎖性水域に係る流域別下水道整備総合計画の見直しを推進します。富栄養化対策としては、海域も含めて、富栄養化等の状況の把握及び窒素・りんの発生源対策に関する調査を行います。このほか、水質悪化が著しい湖沼においては、底泥からの栄養塩類の溶出等を抑制するため、底泥しゅんせつを実施するとともに、湖沼に流入する汚濁負荷の削減を図るため、流入河川における直接浄化施設、農業用用排水路等における浄化施設の整備を実施します。

東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海においては、化学的酸素要求量（COD）、窒素及びりんを対象とした水質総量規制を引き続き実施します。特に、平成19年度中旬からは第6次水質総量規制を実施し、汚濁負荷削減対策等の水環境改善対策を推進します。また、豊かな沿岸環境の回復を図るため、各水域の環境容量を明らかにし、環境改善対策等を総合的に推進していく中長期ビジョンの策定について検討を行います。瀬戸内海については、瀬戸内海環境保全特別措置法及び「瀬戸内海環境保全基本計画」等に基づき、水質の保全、自然海浜の保全などの諸施策を引き続き推進します。有明海及び八代海については、有明海及び八代海を再生するための特別措置に関する法律に基づき、また、18年12月の有明海・八代海総合調査評価委員会報告の提言を踏まえつつ、貧酸素水塊発生対策、底質改善、汚濁負荷の削減その他の当該海域の環境の保全及び改善のための施策、水産資源の回復等による漁業の振興のための施策等を引き続き推進します。

港湾及びその周辺海域においては、環境モニタリング等による汚染原因解明のための調査、赤潮・貧酸素水塊対策、汚泥しゅんせつ、覆砂、干潟・藻場の創出、海洋調査等の機能を有する環境整備船の建造、浮遊ごみ・油の回収など総合的な水質改善に取り組みます。

都市再生プロジェクト（第3次決定）「海の再生」の実現に向けて、「東京湾再生のための行動計画」及び「大阪湾再生行動計画」に基づき、陸域からの汚濁負荷の削減、海域における環境改善、環境モニタリング等の各種施策を推進していきます。さらに、「全国海の再生プロジェクト」として、伊勢湾及び広島湾においても行動計画（19年3月策定予定）に基づく取組を推進するとともに、他の閉鎖性海域においても海の再生を進めていきます。

また、三重県英虞湾（あごわん）では、水産基盤整備事業によりしゅんせつを行い、漁場環境の改善を図ります。さらに、漁港内外の静穏水域において風力等自然エネルギーを活用した水域環境改善手法の調査を行います。