工場・事業場については適切な排水規制を行います。排水規制の対象となっていない業種について規制の必要性の検討を進めるとともに、未規制項目について水生生物保全の観点等から調査・検討を行います。

生活排水による水質の汚濁の防止を図るため、地域の実情に応じて、都道府県ごとに策定された汚水処理施設の整備等に関する総合的な計画である「都道府県構想」に基づき、下水道、浄化槽、農業集落排水施設、漁業集落排水施設、コミュニティ・プラントなど各種生活排水処理施設の整備を図ります。平成18年9月に発足した「下水道未普及解消クイックプロジェクト」については新たな整備手法についてモデル市町村における実証を行うなど、その取組を具体化していきます。また、流域全体で効率的に高度処理を推進する高度処理共同負担事業の活用等により、引き続き下水道における高度処理を推進します。

非特定汚染源による水質汚濁の実態を把握し、その汚濁負荷の削減対策手法に関する調査を実施します。また、「合流式下水道緊急改善事業」等を活用し、合流式下水道の改善を推進します。

農地・市街地等の非特定汚染源から発生する汚濁負荷対策を効果的に実施するための計画の策定に向けた調査等を行うとともに、湖沼における水質改善のため、汚濁機構解明や各種汚染源からの汚濁負荷の的確な把握等のための調査を行います。また、雨天時に宅地や道路等の市街地から公共用水域に流入する汚濁負荷を削減するために新世代下水道支援事業制度水環境創造事業を引き続き推進します。さらに、農業用用排水路等の水質浄化を図るため、浄化型水路の整備など、水質保全対策事業を引き続き推進します。

下水道や浄化槽、農業集落排水施設等の高度処理技術の一層の開発・普及を推進します。下水道については、合流式下水道改善に関する技術の普及を推進します。浄化槽については、有機汚濁物質を高度に除去する処理方式として、膜分離型浄化槽の普及を推進します。さらに、閉鎖性水域の富栄養化防止策として窒素・りん除去型浄化槽の普及を一層推進します。また、農業集落排水事業について、遠方監視システムの活用による高度処理の普及促進を支援します。

有害物質に係る排水規制、地下浸透規制等を適切に実施するとともに、適正な廃棄物処理の推進を図ります。また、水生生物の保全の観点から設定された環境基準の達成及びその維持に必要な環境管理施策についても、引き続き検討を進めます。

農薬については農薬取締法に基づき、水産動植物の被害防止に係る改正農薬登録保留基準について引き続き個別農薬ごとの基準値を設定していきます。また、平成18年8月に施行された水質汚濁に係る改正農薬登録保留基準の円滑な設定に向けた検討を進めます。

地下水に関しては、水質汚濁防止法に規定されている浄化措置命令制度等に基づき、地下水浄化対策の着実な推進を図ります。硝酸性窒素による地下水汚染については、効果的な浄化手法の確立に向けた調査を実施するとともに、地域の実情に応じた重点的な対策のあり方について検討します。また、有害物質に汚染された海域等の底質については、除去等の対策を適切に実施します。

内分泌かく乱化学物質による海産生物への影響評価を可能とする手法の開発及び魚介類への影響実態把握調査等を実施します。また、魚介類中におけるダイオキシン類や重金属等の蓄積状況の実態把握等を行います。さらに、内湾域における発電所の取放水を活用した、貧酸素水塊等による漁業被害の軽減について検討等を行います。