水質汚濁防止法等に基づく排水規制、下水道等生活排水処理施設の整備や住民参加等による生活排水対策、河川等における浄化対策や流量の確保等の各種の施策を総合的に実施します。湖沼については、「湖沼水質保全特別措置法」に基づく「湖沼水質保全計画」の策定されている琵琶湖や霞ヶ浦等10湖沼について、同計画に基づき、各種規制措置のほか、下水道の整備その他の事業を総合的・計画的に推進します。富栄養化対策としては、海域も含めて、全窒素及び全りんに係る環境基準類型指定を進めるとともに、富栄養化等の状況の把握及び窒素・りんの発生源対策に関する調査を行います。このほか、水質悪化が著しい湖沼においては、流入河川において直接浄化施設の整備を実施します。
　東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海においては、今後とも汚濁負荷量の一層の削減を図ることが必要であり、化学的酸素要求量（COD）、窒素及びりんを対象とした第５次水質総量規制を引き続き実施するとともに、次期総量規制に向けた検討を実施します。瀬戸内海については、「瀬戸内海環境保全特別措置法」及び「瀬戸内海環境保全基本計画」等に基づき、水質の保全、自然海浜の保全などの諸施策を引き続き推進します。有明海及び八代海については、有明海及び八代海を再生するための特別措置に関する法律に基づき、流入する汚濁負荷量の削減、調査研究の実施等、当該海域の環境の保全及び改善等のための施策を推進していきます。
　港湾及びその周辺海域においては、赤潮や青潮等の発生が多発する海域の環境を改善するため、環境モニタリング等により汚染原因を解明する調査や汚泥しゅんせつ、覆砂、干潟・藻場の造成、浮遊ごみの回収など総合的な水質改善対策を実施します。都市再生プロジェクト「海の再生」の実現に向けて、東京湾については、平成15年３月に策定された「東京湾再生のための行動計画」に基づいて、また、大阪湾については、９府県市及び関係省庁からなる大阪湾再生推進会議において16年３月に策定された「大阪湾再生行動計画」に基づいて、今後、東京湾及び大阪湾再生のための各種施策を展開します。
　海域に関しては、ごみ・油回収や、海洋調査等の機能を有する環境整備船の建造や、水産動植物の生育の場の保全・創造を図るための、覆砂、たい積物の除去、藻場の造成及び赤潮・貧酸素水塊による被害防止対策を行います。また、三重県英虞湾では、水産基盤整備事業によりしゅんせつを行い、海域環境の改善を図ります。