3 閉鎖性水域等における水環境の保全
（１）閉鎖性水域の現状
近年の我が国の公共用水域の水質汚濁の状況をみると、特に後背地に大きな汚濁源を有する内湾、内海、湖沼等の閉鎖性水域では、流入する汚濁負荷が大きい上に汚濁物質が蓄積しやすく、汚濁が生じやすい状況にある。これに加えて、窒素、燐等を含む物質が流入し、藻類その他の水生生物が増殖繁茂することに伴い、その水質が累進的に悪化するという富栄養化に伴う赤潮等の現象がみられる。
これら閉鎖性水域における平成10年度の環境基準の達成率を有機汚濁の代表的な指標であるCODでみると、東京湾63％、伊勢湾44％、瀬戸内海76％である。また、湖沼は40.9％である（1-2-2図、1-2-3図参照）。
また、赤潮の発生状況をみると、平成10年度は東京湾37件、伊勢湾58件、瀬戸内海（水産庁調べ）105件、有明海30件となっており、東京湾等では青潮の発生もみられる。湖沼についてもアオコや淡水赤潮の発生がみられるものが少なくない。このような状況に対処するため、閉鎖性水域について、流入CODの削減とともに富栄養化も対象とした総合的な水質保全対策の推進を図る必要がある。
（２）水質改善の進まない水域等における調査
総量規制の対象の水域（東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海）においては、当該水域に係る水質、発生負荷量及び削減対策状況等について総合的な調査・解析を行った。また、瀬戸内海では、赤潮発生機構の解明及び富栄養化対策の検討等のための調査を行った。
有明海においては、水質及び発生負荷量等について調査・解析を行った。
（３）水質汚濁の著しい河川及び水道水源水域
水質汚濁の著しい河川や水道水源として利用されている水域等の水質改善を図るため、各都道府県により上乗せ規制等を実施した。また、市町村や地域住民等の取組と一体となって水環境整備事業（河川浄化事業）、下水道事業等を重点的に実施したほか、流域においても浄化事業を実施した。
（４）湖沼
湖沼の水質保全については、水質汚濁防止法に加えて湖沼水質保全特別措置法によって対策が講じられている。この法律は、湖沼の水質保全を図るため、水質環境基準の確保の緊要な湖沼を指定して、当該湖沼につき湖沼水質保全計画を策定し、下水道整備等の水質保全に資する事業、各種汚濁源に対する規制等の措置、さらには湖辺の自然環境の保護等の対策を総合的・計画的に推進しようとするものである。指定湖沼に指定された湖沼は10湖沼あり、その概要は1-2-5表のとおりである。なお、平成3年度以降に策定された湖沼水質保全計画は、各湖沼とも窒素及び燐の削減対策を盛り込んだ富栄養化対策を強化したものとなっている。
（５）閉鎖性海域における総量規制
広域的な閉鎖性海域については、水質汚濁防止法において、当該水域への汚濁負荷量を全体的に削減しようとする水質総量規制の制度が設けられており、東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海について化学的酸素要求量（COD）を指定項目として、平成11年度を目標年度とした第4次水質総量規制を実施した。
第4次総量規制に係る総量削減基本方針及び総量削減計画では目標年度における発生源（生活系、産業系、その他系）別の削減目標量等について定められており、平成6年度の負荷量に対し東京湾で8％、伊勢湾で7％、瀬戸内海で4％、3水域全体では5％の削減を図ることとなっている（1-2-7図）。その達成のため、下水道整備の促進を図るとともに、地域の実情に応じ、合併処理浄化槽、農業集落排水施設、コミュニティ・プラント等の整備等の生活排水対策、工場等の総量規制基準の強化等の産業排水対策、その他の諸対策を総合的に推進した。
（６）富栄養化対策
富栄養化は、元来、流域からの窒素、燐等の栄養塩類の供給により湖沼が徐々に肥沃化する現象を指すものであったが、近年、人口、産業の集中等により、湖沼に加えて東京湾、伊勢湾、瀬戸内海等の閉鎖性海域においても窒素、燐等の栄養塩類の流入により、藻類等が増殖繁茂することに伴い、その水質が累進的に悪化するという富栄養化に伴う赤潮等の現象がみられるところがあり、水質保全上問題となっている。
このため、湖沼においては透明度の低下や水色の変化による美観の劣化のほか、水道におけるろ過障害や異臭味問題等種々の障害が生じている。また、海域においては赤潮や青潮による漁業被害等が問題となっている。
このような富栄養化に伴う障害の発生にかんがみ、その原因物質である窒素及び燐について、次のような施策が講じられている。
湖沼については、昭和57年に窒素及び燐に係る環境基準を設定し、平成6年度までに、琵琶湖（2水域）等合計48水域（44湖沼）について類型指定が行われている。また、窒素及び燐に係る排水基準は昭和60年に設定されており、平成10年6月に燐規制対象湖沼を136、窒素規制対象湖沼を124追加したため、現在、燐規制対象湖沼は1,200、窒素規制対象湖沼は201である。このほか、琵琶湖や霞ヶ浦等の10指定湖沼については、湖沼水質保全特別措置法に基づき窒素・燐に係る汚濁負荷量規制が実施されている（釜房ダム貯水池及び野尻湖については燐のみ）。
海域については、昭和55年から、瀬戸内海において関係府県が「瀬戸内海環境保全特別措置法」に基づき栄養塩類の削減指導を行っている。東京湾、伊勢湾においても、昭和57年から関係都県等による富栄養化防止対策が始められ、第4次の栄養塩類削減指導が平成8年度から実施されている。平成5年8月には海域の窒素及び燐に係る環境基準及び排水基準を設定し、閉鎖性が高く富栄養化のおそれのある88海域とこれに流入する公共用水域について排水規制を実施している。また、平成5年8月に海域における全窒素及び全燐の環境基準が定められたことから、上記の閉鎖性海域を対象に類型指定の作業が国及び都道府県において行われているところであり、平成9年3月末までに15海域を対象とした40水域において指定された。
（７）瀬戸内海の環境保全
瀬戸内海は、優れた自然の景勝地、貴重な漁業資源の宝庫であるという恵まれた自然条件を有する反面、周辺に産業及び人口が集中した閉鎖性水域であることから瀬戸内海環境保全特別措置法によって、総合的な施策が進められてきている。
瀬戸内海環境保全特別措置法等に基づき瀬戸内海関係13府県の区域において講じられた環境保全対策の概要は次のとおりである。
ア 府県計画の推進
関係府県知事は、瀬戸内海の環境の保全に関し実施すべき施策を定めた府県計画を平成9年9月に一部変更し、当該計画に基づいた各種環境保全対策を実施している。
イ 特定施設の設置等の許可
特定施設の設置等については許可制が採られており、平成10年度の設置許可件数は300件、変更許可件数は386件であった。
ウ 水質総量規制の推進
平成8年度から、平成11年度を目標年度とする第4次の水質総量規制を実施した（「（３）閉鎖性海域」参照）。
エ 指定物質に係る削減指導
富栄養化防止対策としては、平成8年度から平成11年度を目標年度とする燐及びその化合物並びに新たに指定物質とされた窒素及びその化合物に係る削減指導を実施している。
オ 自然海浜の保全
瀬戸内海沿岸の関係10府県は、海水浴、潮干狩り等海洋性レクリエーションの場として利用されている自然海浜を保全するため、自然海浜保全地区条例等を制定しており、平成11年12月末までに91地区の自然海浜保全地区を指定している。
カ 埋立てに当たっての環境保全上の配慮
瀬戸内海における公有水面埋立ての免許又は承認に当たって、関係府県知事は、瀬戸内海の特殊性に十分配慮しなければならないとされている。瀬戸内海環境保全臨時措置法施行以降平成11年11月1日までの間に4,341件、12,173.1ha（うち平成10年11月2日以降の1年間に91件、1,016.1ha）の埋立ての免許又は承認がなされている。
一方、近年水質の改善は横ばいであり、累積する埋立て等により藻場・干潟、自然海浜等の貴重な自然環境は徐々に減少していることから、平成11年1月、瀬戸内海環境保全審議会から、従来の規制を中心とした保全型施策の充実に加え、失われた良好な環境を回復させる施策の展開を柱とする「瀬戸内海における新たな環境保全・創造施策のあり方について」の答申がなされた。
この答申を踏まえ、平成11年9月、瀬戸内海環境保全審議会に「瀬戸内海環境保全基本計画の変更について」の諮問を行った。
（８）閉鎖性水域の浄化対策
水質悪化が著しい湖沼においては、底泥からの栄養塩類の溶出等を抑制するため、底泥しゅんせつを実施するとともに、湖沼に流入する汚濁負荷の削減を図るため、流入河川において直接浄化施設の整備を実施した。
港湾及び周辺海域の環境保全のため、平成11年度には港湾公害防止対策事業（有機汚泥等のしゅんせつ等）を東京港等5港で行ったほか、港湾区域外の一般海域における浮遊ごみ・油の回収事業を行った。
さらに、閉鎖性が強くヘドロの堆積した海域の環境改善を目的として海域環境創造事業（覆砂や海浜整備）を瀬戸内海等の2海域及び横浜港等11港において実施した。
（９）閉鎖性海域の総合的な水質保全対策の推進
東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海において、CODのみならず窒素及び燐とを併せた総合的な水質保全対策を推進するため、平成12年度からの第5次水質総量規制の在り方について、平成11年2月22日、中央環境審議会に対して諮問し、必要な調査・検討を行った。