大気汚染対策については、平成8年5月に改正された大気汚染防止法に基づき、低濃度長期曝露による健康影響が懸念されるベンゼン等の有害大気汚染物質対策を推進するとともに、平成10年4月に、近年の廃棄物焼却炉をめぐるダイオキシン類の排出等の問題に対応するため、廃棄物焼却炉に係るばいじんの排出規制を強化した。悪臭防止対策については、臭気指数規制の導入に伴う一部未設定の基準を検討し、平成11年3月に気体排出口における臭気指数規制基準の算定方法を設定した。騒音・振動対策については、従来からの工場等に係る規制を引き続き実施した。さらに、オゾン層保護対策としては、CFC等のオゾン層破壊物質の生産等の規制を引き続き実施した。
　水質汚濁対策については、湖沼水質保全特別措置法に基づく施策を含めた総合的計画的な湖沼水質保全対策や東京湾、伊勢湾、瀬戸内海に係る総量規制の円滑な実施等の総合的な対策を推進するとともに、海域における富栄養化対策の一層の推進を図るため、窒素・リンに係る環境基準の類型指定等を行った。
　さらに、自然環境の保全については、自然環境保全法、自然公園法等に基づく自然環境の特性に応じた施策の一層の推進を図るとともに、「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」等に基づく野生生物の保護対策等を総合的に推進した。