1 漁業公害調査

　水銀、PCB等による魚介類汚染水域監視調査、有機スズ化合物やダイオキシン類による主要漁場の汚染実態調査、新たな汚染物質による魚介類汚染の早期発見と対策検討のための調査、海外漁場で採捕された魚介類の化学物質による汚染実態の調査、有害化学物質の短期毒性の海産魚による試験法確立のための調査及び酸性雨内水面漁業影響調査を実施するほか、有害化学物質による魚介類汚染機構解明のための調査を実施する。
　また、貝類の毒化機構解明調査、貝毒測定技術の開発、毒化予知手法の開発等の貝毒対策を行うとともに、「海洋水産資源開発促進法」に基づく沿岸水産資源開発区域等における水質汚濁等の防止を図るための環境調査に助成する。
　さらに、栄養塩類の構成比の変化が漁業に与える影響の調査、沿岸域の各種開発事業による漁場環境への影響を予測する調査、発電所の取放水が内湾、浅海域の漁業に及ぼす影響の調査等を行う。この他、地球環境保全に積極的に貢献するため、広く海洋に展開している我が国漁船の特性を活かし、漁船を活用した地球規模の海洋環境モニタリングを実施する。