農用地の土壤汚染対策としては、「農用地の土壤の汚染防止等に関する法律」に基づく特定有害物質として現在カドミウム、銅及び砒素が指定されているが、その他の重金属類等についても調査を進める。また、都道府県が実施する細密調査等について助成を行い、基準値以上検出地域については、都道府県知事が対策地域の指定、対策計画の策定等の措置を早急に講ずるように指導するとともに、対策計画に基づく排土、客土、水源転換等を内容とする公害防除特別土地改良事業等に助成する。また、休廃止鉱山関係地域において、客土等の恒久対策が講じられるまでの暫定対策として、土壤改良資材の投入等を行うカドミウム汚染米発生防止対策事業に助成する。
　さらに、全国の農用地を対象に、定点における重金属類による土壤の汚染の状況を把握する土壤環境基礎調査について助成を行うほか、対策地域内の土壤の汚染状況を把握する対策地域調査等に助成するとともに、下水汚泥等を原料とする再生有機質資材の農用地等における利用に伴う周辺環境への影響を防止するための施策について検討を行う。
　一方、市街地土壤汚染対策を推進するため、地方公共団体が実施する環境基準の適合状況の調査のための経費の助成、新しい土壤汚染浄化技術の確立のため、国内の汚染現地における実証調査等を行う。
　また、新たに土壤汚染が周辺環境に及ぼす影響を評価する方法等を確立するための調査を行うとともに、土壤環境基準未設定の物質について、将来基準設定を検討する際に必要となる分析法や汚染実態等の知見を集積するための調査を実施する。
　このほか、酸性雨による土壤・植生への影響の監視及び土壤影響の予測のための調査等を実施する。