原生自然環境保全地域及び自然環境保全地域の適正な保全を図るため、引き続き現況の把握やモニタリングを行います。

社会条件等の変化に対応するため、自然保護の強化を基調として、公園区域及び公園計画の全般的な見直しを行います。また、全般的な見直しを終了した公園については、おおむね5年ごとに公園区域及び公園計画の点検を行います。国定公園については、都道府県から申出のある地域について検討を行い、見直し等の作業を進めます。

国立公園の管理計画の策定を推進し、自然公園法に基づく許可、認可等の適正な運用を図ります。また、国立・国定公園の特別地域において捕獲等に許可を要する動物（指定動物）の管理の強化を図ります。さらに、特定非営利活動法人（以下「NPO法人」という。）等と連携し、地域密着型の公園管理を行う公園管理団体の指定、風景地保護協定の締結等を進め、管理体制の強化を推進します。

また、専門的な知識を持ったアクティブ・レンジャーを全国に配置して、現場管理の充実に努めます。

自然公園等において、太陽光パネルなど自然エネルギーを利用した地球環境にやさしい施設の整備を推進します。

また、荒廃した登山道、周辺の植生の復元のための施設の整備及びシカの食害等から貴重な植生を保護するための対策を推進します。釧路湿原、サロベツ原野等においては、自然再生の取組を引き続き推進します。

国立公園の集団施設地区等については、関係道県及び市町村の協力の下に清掃活動を実施します。また、「自然公園クリーンデー」における各種行事の実施等、美化思想の普及に努めます。

グリーンワーカー事業では、登山道の補修や清掃作業、サンゴ礁の保護対策、外来生物の駆除、湿地の保全、里地里山の維持などを引き続き行うとともに、エコツーリズムの支援等を推進します。

また、国立公園等の山岳地域等における環境浄化及び安全対策を図るため、山小屋事業者等によるし尿・排水処理施設等の整備の経費を一部補助し、自然環境の保全と利用環境の改善を推進します。

すぐれた自然環境を保全していくため、引き続き民有地買上げの推進を図ります。

鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律（以下「鳥獣保護法」という。）に基づき、国際的又は全国的な鳥獣の保護の見地から重要な区域について、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律（以下「種の保存法」という。）に基づき、国内希少野生動植物種の生息・生育地として重要な地域である生息地等保護区の指定を進め、絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存を図ります。国指定鳥獣保護区の管理については、保護管理方針を示すマスタープランの策定、管理員の配置等を行い、また、必要に応じて、保護区内の管理、野生鳥獣に関する環境学習等のための施設の整備を行います。さらに、鳥獣の生息環境が悪化しつつある国指定鳥獣保護区において鳥獣の生息地の保護及び整備を図るための鳥獣の繁殖施設の設置等を行うため、保全事業を実施します。

我が国の森林のうち、すぐれた自然環境の保全を含む公益的機能の発揮のため特に必要な森林を保安林として計画的に指定し、適正な管理を行います。また、国有林野のうち、自然環境の維持、動植物の保護、遺伝資源の保存等を図る上で重要な役割を果たしている森林については「森林と人との共生林」に区分し、自然環境の保全を第一とした管理経営を行います。特に原生的な天然林や貴重な動植物の生息・生育地等特別な保全・管理が必要な森林については、保護林として積極的に指定するなどその拡充を図るとともに、保護林の状況を把握し、必要に応じて植生の回復等の措置を講ずることによる適切な保全・管理を推進します。

日本の動植物種及び生態系を中心とした日本を代表する自然を保全するため、名勝（自然的なもの）、天然記念物の指定、重要文化的景観の選定を行います。また、保存・活用に関する補助制度や現状変更等の許可制度などを活用した文化財の保存を実施します。

ナショナル・トラスト活動については、その一層の促進のため、引き続き税制優遇措置、普及啓発等の施策を講じます。

国土形成計画の策定等を通じ、国土レベルの広域的な生態系ネットワーク形成の推進に向けて引き続き関係各省庁で連携を図り、検討を進めます。

国有林においては、野生生物の種や遺伝的な多様性を確保するため、保護林相互を連結してネットワークとする「緑の回廊」の設定と整備を引き続き推進し、より広範で効果的な森林生態系の保全を推進します。