瀬戸内海において魚介類の生育の場として重要である藻場、生態系の維持あるいは水質浄化に重要な役割を担う干潟の面積は減少の傾向にある。
　海域別タイプ別の藻場面積を見ると、アラメ場の10,631haが最大を示し、次いでガラモ場の8,808haと続いている。海域別の干潟面積は、周防灘の7,428.9haが一位を占め、燧灘の974.9haが二位と続いている。
　瀬戸内海の沿岸域においては、多様な生物の生息や繁殖の場である干潟・藻場が多く失われてきている。
　藻場のうちアマモ場については、1960年度から1989～90年度までに約７割、干潟面積については、1949年度から2006年度までに約２割が消失したが、干潟面積については、1989～90年度から2006年度までにわずかではあるものの増加していることが報告されている。
　環境省が実施している「第４回自然環境保全基礎調査-干潟・藻場・サンゴ礁分布調査-」による藻場・干潟の分布状況はこちら→生物多様性センター（外部リンク）「生物多様性情報システム（外部リンク）」

瀬戸内海における藻場面積の推移（響灘を除く）

  注）
     1978年度（第2回自然環境保全基礎調査）の値は、
     1989～90年度（第4回自然環境保全基礎調査）の
     面積に消滅面積を加算した値である。

出典：
     1960、1966、1971年度：水産庁南西海区水産研究所調査
     1989～1990年度（第4回）：自然環境保全基礎調査(環境庁)

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瀬戸内海における干潟面積の推移（響灘を除く）

注）
  1.出典により、面積測定方法に違いがある。
  2.1978年度（第2回自然環境保全基礎調査）の値は、
    1989～90年度（第4回自然環境保全基礎調査）
    の面積に消滅面積を加算した値である。

出典：
 ・1898、1925、1949、1969年度：「瀬戸内海要覧」
   （建設省中国地方建設局）
 ・1978年度（第2回）、1989～1990年度（第4回）
   ：自然環境保全基礎調査（環境庁）
 ・2006年度：「瀬戸内海干潟実態調査報告書」
  （環境省、平成18年）