議定書附属書V第３条に基づき、環境上、科学上、歴史上、芸術上又は原生地域として顕著な価値を有する場所として指定されるもの。
附属書V第６条に基づき、各締約国、議定書第11条に規定される環境保護委員会、南極研究科学委員会又は海洋生物資源の保存に関する委員会は、南極特別保護地区の管理計画案を提出することができ、南極条約協議国会議において承認されることにより、南極特別保護地区として指定される。
附属書V第５条に基づき、各地区ごとに定められるもので、指定理由、目的、許可条件（例えば、地区内で実施可能な活動を科学的調査のみに限定、航空機の航行の制限等）等が規定される。
管理計画の案は、附属書V第６条に基づき、各締約国、議定書第11条に規定される環境保護委員会、南極研究科学委員会又は海洋生物資源の保存に関する委員会が提出することができ、南極条約協議国会議において承認されることにより、管理計画として設定される。
附属書V第８条に基づき、歴史上の価値を有すると認められる場所又は記念物として指定されるもの。当該記念物については、損傷、除去又は破壊してはならないとされている。
附属書V第６条に基づき、各締約国は、南極史跡記念物を提案することができ、南極条約協議国会議において承認されることにより、南極史跡記念物として指定される。
「南極特別保護地区」については施行規則別記に規定し、各地区の管理計画のうち、許可条件に係る部分については、施行規則別表第６に「南極特別保護地区ごとの要件」として規定している。南極特別保護地区において活動する場合は、法第７条第１項第３号に基づき、環境大臣による確認の際に、当該要件を満たすことが求められる。
また、「南極史跡記念物」は施行規則別表第４に規定され、法第20条において、その除去、損傷又は破壊が禁止されている。