植物II：菌類レッドリスト
■絶滅（EX）
| ・ | ハハジマモリノカサ：Agaricus hahashimensis S. Ito & Imai： |
| ・ | 和名なし：Allescheriella crocea (Mont.) Hughes： |
| ・ | ヒュウガハンチクキン：Astrinella hiugensis Hino & Hidaka： |
| ・ | フタイロコガサタケ：Camarophyllus microbicolor S. Ito： |
| ・ | ハハシマアコウショウロ：Circulocolumella hahashimensis (S. Ito & Imai)S. Ito： |
| ・ | ムニンヒメサカズキタケ：Clitocybe castaneifloccosa S. Ito & Imai： |
| ・ | ハハノツエ：Collybia matris S. Ito & Imai： |
| ・ | ムニンヒトヨタケ：Coprinus boninensis S. Ito & Imai： |
| ・ | ハヤカワセミタケ：Cordyceps owariensis Kobayasi： |
| ・ | ムラサキチャヒラタケ：Crepidotus subpurpureus S. Ito & Imai： |
| ・ | カバイロチャダイゴケ：Cyathus badius Kobayasi： |
| ・ | ムニンチャダイゴケ：Cyathus boninensis S. Ito & Imai： |
| ・ | オガワラツムタケ：Gymnopilus noviholocirrhus S. Ito & Imai： |
| ・ | オオミノアカヤマタケ：Hygrocybe macrospora (S. Ito & Imai)S. Ito： |
| ・ | ムニンキヤマタケ：Hygrocybe miniatostriata (S. Ito & Imai)S. Ito： |
| ・ | オガサワラハツタケ：Lactarius ogasawarashimensis S. Ito & Imai： |
| ・ | ムニンヒメカラカサタケ：Lepiota boninensis S. Ito & Imai： |
| ・ | ムニンチヂミタケ：Leptoglossum boninensis S. Ito & Imai： |
| ・ | コメツブホコリタケ：Lycoperdon henningsii Sacc. & Syd.： |
| ・ | ダイドウベニヒダタケ：Pluteus daidoi S. Ito & Imai： |
| ・ | フサベニヒダタケ：Pluteus horridilamellus S. Ito & Imai： |
| ・ | マチダベニヒダタケ：Pluteus machidae S. Ito & Imai： |
| ・ | オカベベニヒダタケ：Pluteus okabei S. Ito & Imai： |
| ・ | ムニンシカタケ：Pluteus verruculosus S. Ito & Imai： |
| ・ | オガサワライタチタケ：Psathyrella boninensis S. Ito & Imai： |
| ・ | ムニンチャモミウラタケ：Rhodophyllus brunneolus (S. Ito & Imai)S. Ito： |
| ・ | オガサワラキハツタケ：Russula boninensis S. Ito & Imai： |
| ・ | チチシマシメジタケ：Tricholoma boninensis S. Ito & Imai： |
■野生絶滅（EW）
| ・ | 和名なし：Cunninghamella homothallica Kominami & Tubaki： |
■絶滅危惧I類（CR+EN）
| ・ | ミツエタケ：Arcangeliella mitsueae Imai： 神奈川県横浜市 |
| ・ | クチキトサカタケ：Ascoclavulina sakaii Otani： 東北 |
| ・ | シンジュタケ：Boninogaster phalloides Kobayasi： 東京都小笠原諸島 |
| ・ | キリノミタケ：Chorioactis geaster (Peck) Eckblad： 宮崎県 |
| ・ | ミドリクチキムシタケ：Cordyceps atrovirens Kobayasi & Shimizu：埼玉県秩父 |
| ・ | カイガラムシツブタケ：Cordyceps coccidiicola Kobayasi & Shimizu：中部以西、東北 |
| ・ | イリオモテクモタケ：Cordyceps cylindrica Pecth： 沖縄県西表島 |
| ・ | オサムシタンポタケ：Cordyceps entomorrhiza (Dicks. : Fr.) Fr.： 宮城県蔵王町 |
| ・ | フトクビクチキムシタケ：Cordyceps facis Kobayasi & Shimizu： 埼玉県秩父 |
| ・ | クサギムシタケ：Cordyceps hepialidicola Kobayasi & Shimizu： 埼玉県秩父 |
| ・ | ハエヤドリトガリツブタケ：Cordyceps iriomoteana Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | コゴメカマキリムシタケ：Cordyceps mantidicola Kobayasi & Shimizu： 埼玉県秩父 |
| ・ | チチブクチキムシタケ：Cordyceps nanatakiensis Kobayasi & Shimizu： 埼玉県秩父 |
| ・ | オグラクモタケ：Cordyceps ogurasanensis Kobayasi & Shimizu： 長野県南佐久郡 |
| ・ | シロヒメサナギタケ：Cordyceps pallidiolivacea Kobayasi & Shimizu： 埼玉県秩父 |
| ・ | ウスキタンポセミタケ：Cordyceps pleuricapitata Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | ヒメハルゼミタケ：Cordyceps polycephala Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | エダウチタンポタケ：Cordyceps ramosostipitata Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | アカエノツトノミタケ：Cordyceps rubiginosostipitata Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | スズキセミタケ：Cordyceps ryogamimontana Kobayasi： 埼玉県秩父 |
| ・ | サキシマヤドリバエタケ：Cordyceps sakishimensis Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | コガネムシタケ：Cordyceps scarabiicola Kobayasi： 埼玉県秩父 |
| ・ | シロアリタケ：Cordyceps termitophila Kobayasi & Shimizu： 沖縄県西表島 |
| ・ | タンポエゾセミタケ：Cordyceps toriharamontana Kobayasi： 山形県朝日岳 |
| ・ | クロミノクチキムシタケ：Cordyceps uchiyamae Kobayasi & Shimizu： 東京都高尾山 |
| ・ | エリアシタンポタケ：Cordyceps valvatostipitata Kobayasi： 宮城県蔵王町 |
| ・ | ヤクシマセミタケ：Cordyceps yakusimensis Kobayasi： 鹿児島県屋久島 |
| ・ | チャヒゲカワラタケ：Coriolopsis aspera (Jungh.) Teng： 沖縄県西表島、石垣島 |
| ・ | ワニスタケ：Coriorus ochrotinctus (Berk. & Curt.) Aoshima： 本州以南 |
| ・ | 和名なし：Corynelia uberata Achar. : Fr.： 高知県、奈良県、鹿児島県屋久島 |
| ・ | コウヤクマンネンハリタケ：Echinodontium japonicum Imazeki： 奈良県、宮崎県 |
| ・ | マンネンハリタケ：Echinodontium tsugicola (Henn. & Shirai) Imazeki：日光、赤城、秩父、八ヶ岳 |
| ・ | ラッコタケ：Inonotus flavidus (Berk.) Ryv.： 本州 |
| ・ | ヒジリタケ：Lignosus rhinocerus (Cke.) Ryv.： 沖縄県西表島、石垣島 |
| ・ | コウヤムシタケモドキ：Neocordyceps kohyasanensis Kobayasi： 和歌山県高野山 |
| ・ | ジャガイモタケ：Octaviania columellifera Kobayasi： 関東 |
| ・ | ホネタケ、オニゲナ菌：Onygena corvina Alb. & Schwein.: Fr.：北海道、山形県 |
| ・ | ツガマイタケ：Osteina obducta (Berk.) Donk： 富士山 |
| ・ | ヤエヤマキコブタケ：Phellinus pachyphloeus (Pat.) Pat.： 沖縄県西表島、石垣島 |
| ・ | オオメシマコブ：Phellinus rimosus (Berk.) Pilat： 四国、小笠原 |
| ・ | コカンバタケ：Piptoporus quercinus (Schrad.: Fr.) Karst.： 静岡県、鳥取県 |
| ・ | ヨコバエタケ：Podonectrioides cicadellidicola (Kobayasi & Shimizu) Kobayasi：東北 |
| ・ | タマチョレイタケ：Polyporus tuberaster Jacq.: Fr.： 本州 |
| ・ | ムカシオオミダレタケ：Protodaedalea hispida Imazeki： 本州 |
| ・ | 和名なし：Protomyces pachydermus von Thuemen： |
| ・ | ダイダイサルノコシカケ：Pyropolyporus albomarginatus (Zippoli ex Lev.) Murr.：沖縄県西表島、石垣島 |
| ・ | ツヤナシマンネンタケ：Pyrrhoderma sendaiense (Yasuda) Imazeki： 宮城県、新潟県、神奈川県、大分県 |
| ・ | サンチュウムシタケモドキ：Shimizuomyces paradoxus Kobayasi： 群馬県、長野県、宮城県、山形県 |
| ・ | 和名なし：Taphrina kusanoi Ikeno： 千葉県清澄山 |
| ・ | クモノオオトガリツブタケ：Torrubiella globosa Kobayasi & Shimizu： 山形県 |
| ・ | エビタケ：Trachyderma tsunodae (Yasuda) Imazeki： 本州、九州 |
■絶滅危惧II類（VU）
| ・ | トゲホコリタケ：Bovistella yasudae Lloyd： |
| ・ | ハゲチャダイゴケ：Cyathus pallidus Berk. & Curt.： |
| ・ | エダウチホコリタケモドキ：Dendrosphaera eberhardtii Pat.： 鹿児島県屋久島、沖縄県西表島 |
| ・ | ウスキキヌガサタケ：Dictyophora indusiata (Vent.: Pers.) Fisch. f. lutea Kobayasi：宮崎県、広島県、徳島県、京都府 |
| ・ | スナタマゴタケ：Endoptychum agaricoides Czern.： 北海道小樽市、北陸 |
| ・ | 和名なし：Hypocrea cerebriformis Berk.： 北海道南部から東北 |
| ・ | 和名なし：Hypocrea splendens Phill. & Plowright： 東北 |
| ・ | 和名なし：Hypocrea subsplendens Doi： 本州 |
| ・ | ツキヨタケ：Lampteromyces japonicus (Kawamura) Sing.： |
| ・ | ミヤベホコリタケ：Lycoperdon miyabei (Lloyd) Imai： |
| ・ |
ツチグリカワタケ：Scleroderma polyrhizum Persoon： |