「農用地の土壌の汚染防止等に関する法律」に基づく特定有害物質として現在カドミウニ、銅及び砒素が指定されているが、その他の重金属類についても調査を進めるほか、土壌中の重金属類等の相互作用による作物影響に関する調査を実施する。
　農用地の土壌汚染対策として、都道府県が実施する細密調査等について助成を行い、準備値以上検出地域については、都道府県知事が対策地域の指定、対策計画の策定等の措置を早急に講ずるように指導するとともに、対策計画に基づく排土、客土、水源転換等を内容とする公害防除別土地改良事業等に助成する。また、休排紙鉱山関係地域において、客土等の恒久対策が講じられるまでの暫定対策として、土壌改良資材の投入等を行うカオミウミ汚染米発生防止対策事業に助成する。
　さらに、全国の農用地を対象に、定点における重金属類による土壌の汚染の状況を把握する土壌環境基礎調査について助成を行うほか、対策地域の指定解除地域を対象に長期的な再汚染防止の観点から監視を行う解除地域調査に助成する。
　一方、市街地土壌汚染対策を推進するため、市街地の汚染土壌中の有害化学物質の挙動等について知見を収集し、人の健康及び環境への影響を解析する調査及び土壌中の有害化学物質の蓄積状況等の監視手法に関する調査を行う。
　そのほか、廃棄物を資材とする再利用資源の農用地等への還元による土壌、作物及び周辺環境への影響に関する調査、酸性雨による土壌環境の悪化実態、土壌生態系への影響等の把握に関する調査等を実施する。