湖沼、内湾、内海等の閉鎖性水域の水質保全対策を推進するため、環境庁としては、次のような施策を講ずる。
　湖沼については、昭和60年12月に「湖沼水質保全特別措置法」に基づき、指定湖沼に指定された霞ヶ浦、印旛沼、手賀沼、琵琶湖及び児島湖について関係府県知事の策定する湖沼水質保全計画に基づいて各種規制措置のほか、下水道の整備その他の事業を総合的・計画的に推進する。また、湖沼の窒素及び燐に係る環境基準の類型指定の作業を進めるとともに、都道府県知事の行う類型指定を促進するために、類型指定のための調査に要する費用の一部を補助する。その他、湖沼水質保全のための調査の実施等も含め、各種対策の総合的、計画的な推進を図る。
　湖沼に係る窒素、燐の排水規制については、窒素・燐に係る暫定排水基準適用業種が一般基準を達成するための対策の方途を取りまりめたマニュアルの策定のための調査を行うとともに、窒素の排水基準適用湖沼を指定するための調査を行う。
　海域については、富栄養化防止に係る水質目標について検討を進める。
　また、東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海の水質総量規制については、新たな総量削減基本方針及びそれに基づく総量削減計画を策定し、各種の汚濁負荷量削減対策を推進するとともに、排水処理技術の開発状況等を把握するための調査、小規模工場・事業場に対する汚濁負荷量削減指導指針の作成のための調査及び事業者に対する測定技術の普及指導を行う。さらに、赤潮対策の充実に資するため、赤潮対策調査等を実施する。