(1)　水質汚濁対策
　都市汚水等不特定多数の汚濁源からの排水による農業被害地区について、その防止対策として、水質障害対策事業を引き続き実施する。
(2)　畜産経営環境整備対策
　畜産経営による環境汚染の防止を図るため、引き続き、地域の実情に即した適切な家畜排せつ物の処理・利用を推進する畜産経営環境保全集落群育成事業、家畜排せつ物の広域的かつ計画的な処理・流通を促進する家畜排せつ物広域処理流通促進モデル事業、及び個別経営に対する濃密な指導、助言等を行う畜産経営環境保全総合対策指導事業に助成する。
　また、畜産主産地において、畜産経営に係る環境汚染の防止と経営規模拡大による高能率な畜産経営の育成を図るため、草地、家畜排せつ物処理施設等を総合的に整備する都道府県営及び団体営畜産経営環境整備事業に引き続き助成する。
　更に、畜産経営の環境保全に必要な施設の設置等に要する資金を農林漁業金融公庫及び沖縄振興開発金融公庫から融資する。
(3)　農林関連企業公害対策
　食品産業等の公害防止及び産業廃棄物処理の適正化を図るため、引き続き、工場排出物の分析機関に関する情報の提供、公害防止技術の指導等を行うほか、公害防止管理者等の資格認定講習及び研修、公害防止管理基準の作成等を行い、公害防止の指導に努めるとともに、排水規制等に十分対応できない工場等に対し都道府県の行う特別指導につき助成する。
　また、新に食品産業廃棄物の処理を適正化すると同時に、これを再資源化して肥料原料等として有効利用の促進を図るために事業協同組合等が行うモデル施設の設置について助成するほか、南九州地域(鹿児島県及び宮崎県)における甘しょでん粉工場の排水処理施設の設備の促進を図る。