瀬戸内海については、瀬戸内海環境保全臨時措置法に基づき、瀬戸内海の環境保全に関する基本となるべき計画を策定し、この基本計画に沿って瀬戸内海の環境保全に関する各般の施策を講ずることとしている。 また、同法を引き継ぐ法制度については、現行臨時措置法の規定内容のうち必要なものを引き継ぐとともに、富栄養化対策、自然海兵保全制度等の新たな措置を盛り込んだ改正法案を第84回国会に提出した。