ロンドン条約1996年議定書の締結に伴い改正された海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和45年法律第136号。以下「海洋汚染防止法」という。）に基づき平成19年4月から導入されている廃棄物の海洋投入処分に係る許可制度の適切な運用を引き続き行います。また、平成19年の海洋汚染防止法の改正で創設した二酸化炭素の海底下への貯留に係る許可制度の適切な運用を図るべく、環境影響評価やモニタリング等の海洋環境の保全上適正な管理手法の高度化に関する開発を行います。
また、MARPOL73/78条約附属書IIの規定に基づく査定制度の適切な運用を図ります。
さらに、平成17年5月に発効した船舶からの大気汚染を防止するためのMARPOL73/78条約附属書VIに基づく国際規制の実効性の確保に引き続き努めます。IMOにおけるNOx、SOx等の船舶からの排出ガスの規制強化の議論に積極的に参画していきます。
平成16年に採択されたバラスト水管理条約の早期発効に向けた環境整備を推進し、また、日本における処理装置の認証に関する体制整備のための検討を引き続き行います。
平成18年9月から開始された任意によるIMO加盟国監査制度について、我が国は、同制度の早期定着に向け、監査員研修を実施する等し、国際的な協調・連携を進めていきます。リサイクルヤードからの海洋環境の汚染等が問題視されているシップリサイクル（船舶の解撤）に関しては、問題解決のため、IMOにおいて新条約案及び関連するガイドライン案に関する審議が行われており、引き続き我が国も当該審議に積極的に参画していきます。
日本近海の開発利用状況等を踏まえ、関係省庁が連携して、海洋環境の総合的な調査の実施等の調査研究、東アジア地域の沿岸国間によって共有される海洋環境に関する情報交換の円滑化等の国際協力の推進等に努めます。
また、PEMSEAにおいては、SDS-SEAの実施に向けた取組を進めます。
2000年の危険物質及び有害物質による汚染事件に係る準備、対応及び協力に関する議定書（以下「OPRC-HNS議定書」という。）に関しては、OPRC-HNS議定書及び国家的な緊急時計画に基づき、環境保全の観点から油等汚染に的確に対応するため、油等汚染事故により環境上著しい影響を受けやすい海岸等に関する情報を盛り込んだ図面（脆弱沿岸海域図）の更新のための情報収集等を行うとともに油等汚染事故への準備・対応に関する国際的な連携の強化、技術協力の推進等の国際協力に関する業務を推進します。このほか、NOWPAPの活動への積極的な参加や支援を通じて、NOWPAPの推進を図ります。
漂流・漂着ゴミの問題については、NOWPAPの枠組みを利用した国際的な協力体制の構築に向けて、国内外の実態に関する情報収集や普及啓発等を推進します。また、平成19年3月に漂流・漂着ゴミ対策に関する関係省庁会議が取りまとめた当面の施策のフォローアップを行い、国の取組について適切に推進します。
海洋汚染の未然防止対策の一環として、日本に寄港する外国船舶に対して立入検査を行い、MARPOL73/78条約等の基準を満たしているか否かを確認するポートステートコントロール（PSC）を引き続き的確に行います。船舶によって輸送される化学物質に関しては、海洋汚染防止法に基づき、海洋環境保全の見地からの有害性の確認がなされていない液体物質（未査定液体物質）の査定を行います。
また、「海洋環境保全推進月間」等において、海洋環境保全講習会等を通じ、海洋環境保全思想の普及啓発に努めるとともに、海事関係者等に対する指導を引き続き実施します。
船舶の不法投棄については、「廃船指導票」を貼付することにより、投棄者自らによる適正処分の促進を図ります。
環境保全の観点から油等汚染事件発生に的確に対応するため、OPRC-HNS議定書及び国家的な緊急時計画に基づき、関係地方公共団体、民間団体等に対する研修・訓練の実施、傷病鳥獣の適切な救護体制の整備、脆弱沿岸海域図の作成等を推進します。大規模石油災害時に油濁災害対策用資機材の貸出しを行っている石油連盟に対して、当該資機材整備等のための補助を引き続き行います。また、油防除・油回収資機材の整備を推進するとともに、油汚染防除指導者養成のための講習会及び実地訓練等を実施する民間団体に対して補助を行うとともに、流出油が海洋生態系に及ぼす長期的影響調査を実施します。
船舶の衝突事故等により排出された有害液体物質の防除等に係る国家的な体制を確立するために改正された海洋汚染等防止法の施行を受け、油に加え有害液体物質等の排出事故等に的確に対応するため、巡視船艇・航空機の常時出動体制の確保、防除資機材の配備、関係機関等との連携強化など官民一体となった排出油等防除体制の充実に努めます。また、沿岸域における情報整備として「沿岸海域環境保全情報」の整備を引き続き行い、情報の充実を図ります。さらに、詳細な海潮流データを漂流予測情報に活用していくとともに、油等の海上浮遊物の防除活動に資するため、一週間程度の長期にわたる漂流予測情報の精度向上を図っていきます。
海洋環境保全に関しては、日本周辺海域の海洋環境の現状を把握するとともに、国連海洋法条約の趣旨を踏まえ、領海、排他的経済水域における生態系の保全を含めた海洋環境の状況の評価・監視のための総合的・系統的な海洋環境モニタリングを行います。また、日本周辺海域や閉鎖性の高い海域等において海水及び海底堆積物中の油分、PCB、重金属等の海洋汚染調査を実施します。さらに、バックグラウンドレベルの放射能の調査の一環として、日本周辺海域の海水、海底土中に含まれる放射性核種の分析を行います。加えて、東京湾においては、人工衛星による赤潮等の常時監視を行います。日本周辺海域及び西太平洋海域において、海水中の重金属、油分等の海洋汚染物質の定期観測を引き続き実施します。
海上環境事犯については、沿岸調査や情報収集の強化、巡視船艇・航空機の効率的活用等により日本周辺海域及び沿岸の監視取締りを強化していきます。また、引き続き潜在化している廃棄物・廃船の不法投棄事犯や船舶からの油不法排出事犯に重点を置き、悪質な海上環境事犯の徹底的な取締りを実施します。
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