種の保存法に基づき、希少野生動植物種の指定、個体の捕獲・譲渡し等の規制、器官・加工品の譲渡し等の規制を引き続き実施していくとともに、国内希少野生動植物種については、生息地等保護区の指定を推進し、生息・生育環境の保護管理を行います。また、保護増殖事業については、種の保存法に基づく保護増殖事業計画に従い、ツシマヤマネコ、アホウドリ、タンチョウ、ミヤコタナゴ等の生息環境の改善・整備や繁殖の促進のための事業を推進するとともに、国内希少野生動植物種に指定された種で保護増殖事業を行おうとするものについて、順次、保護増殖事業計画を策定します。さらに、野生生物保護センターにおいて絶滅のおそれのある野生生物の保護増殖事業等を推進します。この中で佐渡島においては、トキの野生復帰に向けて、順化施設の供用を開始し、順化訓練に取り組むとともに、環境省、農林水産省、国土交通省の連携調査結果を踏まえ、餌資源の確保や営巣木、ねぐら木になる松林の保全を進めます。豊岡市においては、引き続き、コウノトリの試験放鳥を継続するとともに生息環境の整備を実施していきます。

国指定鳥獣保護区においては、保護管理方針を示すマスタープランを策定し、管理の充実に努めます。各都道府県においては、鳥獣保護事業計画に基づき、鳥獣保護区の指定、被害防止のための捕獲及びその体制の整備、違法捕獲の防止等の対策を総合的に推進します。当該計画の推進に当たっては、人と鳥獣との共存の確保及び生物多様性の保全を踏まえて鳥獣を適切に保護管理することを基本とします。

渡り鳥の生息状況等に関する調査として、「鳥類観測ステーション」における鳥類標識調査、ガンカモ科鳥類の生息調査等を引き続き実施します。全国的・広域的な観点から保護管理の方向付けを行う必要性の高い鳥獣について、保護管理のための指針作りを推進します。

狩猟による事故防止、違法行為の防止の徹底等適正な狩猟を確保するための関係者への指導を行うとともに、狩猟鳥獣の種類の見直し、捕獲の禁止又は制限の見直しに必要な調査・検討を進めます。

環境省、農林水産省、林野庁が連携し、鳥獣被害対策等を推進するため全国や地方ブロックごとの連絡会議等を引き続き実施します。また、特定鳥獣保護管理計画等による適切な鳥獣の保護管理を推進するとともに、農林水産業等に被害を与えている鳥獣や、地域的に孤立している個体群の広域的な保護管理のための指針を、関係都道府県等とともに検討します。さらに、鳥獣保護管理の人材育成及び確保のために、専門的知識や技術等を有する人材を登録により確保する仕組みづくりや、鳥獣保護管理の中核的な担い手を育成し、将来にわたる鳥獣管理体制の構築を図るため「野生鳥獣管理技術者育成事業」を実施します。また、都道府県の特定鳥獣保護管理計画に基づく保護管理実施状況を引き続き調査・分析するほか、特定鳥獣保護管理計画の目的推進のため、モニタリング手法等に関する調査を実施します。

また、野生鳥獣を誘引しにくい営農管理技術の開発等の試験研究、侵入防止柵等の被害防止施設の整備、効果的な被害防止システムの整備、有害獣捕獲のための体制整備等を推進し、鳥獣との共存にも配慮した多様で健全な森林の整備・保全等を図る事業等を実施します。さらに、生態に悪影響を及ぼすことなく、トドによる被害を防ぐための対策として、被害を受ける漁具の強度強化等を引き続き促進します。

改正鳥獣保護法等に基づく円滑な鳥獣保護管理の実施及び平成19年4月から第10次鳥獣保護事業計画が適切に実施されるよう、関係者に対する普及啓発を行うとともに、地方公共団体及び関係団体との連携・協力を進めていきます。

渡り鳥の保護対策としては、出水平野に集中的に飛来するナベヅル、マナヅルについて、その生息環境を改善し、越冬地を分散するために、遊休地の確保等の事業を引き続き実施します。また、我が国有数の渡り鳥の渡来地の一つである谷津干潟において、生息環境の調査を実施します。

地域を指定しての鉛弾の使用禁止及び無毒の代替弾への切り替え等の措置を引き続き推進するとともに、指定猟法禁止区域について新たな指定を促進します。

高病原性鳥インフルエンザの発生を踏まえて、野鳥を含む渡り鳥の高病原性鳥インフルエンザウィルス保有状況調査や渡り鳥等の移動経路等に関する調査を継続して実施します。

漁業法及び水産資源保護法に基づき、採捕制限等の規制を行います。また、海洋生物資源の保存及び管理に関する法律に基づき、漁獲可能量や漁獲努力可能量の管理を行うほか、1)保護水面の指定、管理、調査等、2)「資源回復計画」の作成・実施、3)外来魚の駆除や漁場の生態系の復元、魚道や産卵場の造成等、4)シロナガスクジラ等の生態、資源量、回遊等の実態把握及び資源回復手法の解明に資する調査、5)ウミガメ（ヒメウミガメ等）、鯨類（シロナガスクジラ等）及びジュゴンの原則採捕禁止等、6)減少の著しい水生生物に関するデータブックの掲載種に係る現地調査及び保護手法の検討、7)サメ類の保存・管理及び海鳥の偶発的捕獲の対策に関する行動計画の実施促進等を行います。

絶滅のおそれのある野生動植物について生息・生育状況を把握するため、国内希少野生動植物種の現状調査を実施します。

野生生物保護思想の普及啓発を図るため、愛鳥週間行事の一環として「全国野鳥保護のつどい」を愛知県で実施するほか、小中学校及び高等学校等を対象とした「全国野生生物保護実績発表大会」等を開催します。