「新・生物多様性国家戦略」に基づき、生物多様性の確保に係る施策の総合的かつ計画的な推進を図ります。また、策定から5年後程度を目途に見直しを行うこととされていることから、現行戦略を見直し、第3次生物多様性国家戦略を策定します。

また、第7回自然環境保全基礎調査（平成17年度～21年度）について、引き続き「植生調査」、「生態系多様性調査（浅海域生態系調査）」等を実施します。「植生調査」では、自然環境の基本情報である縮尺2万5千分の1の植生図をGISデータとして整備していきます。「生態系多様性調査」では、国内の代表的な藻場の調査結果の解析を進めます。

全国の生態系の変化状況を把握するため、重要生態系監視地域モニタリング推進事業（以下「モニタリングサイト1000」という。）において引き続き試行調査を実施するとともに、森林、里地里山、湖沼、湿地、河川、海岸等の生態系タイプごとに調査サイトの選定、調査項目の設定及び調査手法の確定を進めます。平成20年度からの本格調査に向けて、19年度末までにはこれらの調査体制を整えます。