平成14年3月に決定された「新・生物多様性国家戦略」を政府一体となって自然環境の保全と再生に取り組むための中長期的なトータルプランとして位置付け、生物多様性の確保に係る施策の総合的かつ計画的な推進を図ります。
また、平成17年度より第7回自然環境保全基礎調査(平成17年度〜21年度)を開始し、「植生調査」、「生態系多様性調査(浅海域生態系調査)」等を実施します。「植生調査」では、自然環境の基本情報である縮尺2万5千分の1の植生図をGISデータとして整備していきます。「生態系多様性調査」では、国内の代用的な藻場・干潟の調査及び調査結果の解析を進めます。
平成15年度より、全国の生態系の変化状況を把握するために試行調査を開始しているモニリングサイト1000では、引き続き、森林、里地、湖沼、湿地、河川、海岸の生態系タイプごとに調査サイトの配置を進め、適切な調査項目を設定し、試行調査を継続します。