平成14年３月に決定された「新・生物多様性国家戦略」を、政府一体となって自然環境の保全と再生に取り組むための中長期的なトータルプランとして位置付け、生物多様性の確保に係る施策の総合的かつ計画的な推進を図ります。
　国有林野においては、保護林のネットワークの形成を図るため、引き続き緑の回廊の設定と整備を推進し、野生生物の自由な移動の場として保護するなど、より広範で効果的な森林生態系の保護を推進します。
　また、地方公共団体がビオトープを回復・整備し、既存の生息地等との連携により生物多様性のネットワーク化を推進する事業に対し助成を行います。
　第６回自然環境保全基礎調査として「植生調査」、「生態系多様性調査」を実施します。「植生調査」では、自然環境の基本情報図である「現存植生図」を更新し、「生態系多様性調査」では、特に生物多様性の維持等で注目される浅海域生態系について重点的に調査を実施します。また、全国の生態系の変化状況を把握するため、おおむね1,000か所を目標にモニタリングサイトの設定等を推進します。