水質汚濁防止法に基づき地方公共団体が行う公共用水域の水質測定及び測定計画作成に対し助成を行い、全国の一級河川の主要な地点について水質監視を行います。水生生物による簡易水質調査を推進し、実施に当たっては都道府県の環境部局及び地方整備局河川関係事務所の指導の下に一般市民の参加を得て行います。水質汚濁防止法に基づき地方公共団体が行う地下水の水質測定及び測定計画作成に対し助成を行います。
　海洋環境保全に関しては、日本周辺海域の海洋環境の現状を把握するとともに、国連海洋法条約の趣旨を踏まえ、領海、排他的経済水域における生態系の保全を含めた海洋環境の状況の評価・監視のための総合的・系統的な海洋環境モニタリングを行います。また、日本周辺海域、海防法に定める排出海域（Ａ海域）や閉鎖性の高い海域等において海水及び海底堆積物中の油分、PCB及び重金属等の海洋汚染調査を実施します。さらに東京湾においては、人工衛星による赤潮等の常時監視を行います。日本周辺海域及び西太平洋海域において、海水中の重金属、油分等の海洋汚染物質の定期観測を引き続き実施します。
　さらに、漁場の健康診断としての長期的な環境監視調査、油濁・赤潮等の発生監視調査を一体的に実施し、漁業者自身が行う簡単な採水調査の実施、観測機器の整備等、漁業者による監視調査への参加を促進する事業について助成します。