大気汚染対策については、近年の廃棄物焼却炉等をめぐるダイオキシン類の排出等の問題に対応するため、平成10年4月の大気汚染防止法に基づく廃棄物焼却炉に係るばいじんの排出規制の強化に加え、平成12年1月にはダイオキシン類対策特別措置法を施行した。悪臭防止対策については、臭気指数規制に係る規制基準について、未設定であった排出水に係る規制基準の算定方法の設定作業をすすめたほか、近年の悪臭苦情の大幅な増加等に的確に対処するため、平成12年3月8日に「悪臭防止対策等の強化のため講ずべき方策の在り方について」の中央環境審議会答申を受け、悪臭防止法の改正等所要の検討を行った。騒音・振動対策については、従来からの工場等に係る規制を引き続き実施した。さらに、オゾン層保護対策としては、CFC等のオゾン層破壊物質の生産等の規制を引き続き実施した。
　水質汚濁対策については、「湖沼水質保全特別措置法」に基づく総合的計画的な湖沼水質保全対策や東京湾、伊勢湾、瀬戸内海に係る総量規制の円滑な実施等の総合的な対策を推進するとともに、海域における富栄養化対策の一層の推進を図るため、窒素・リンに係る環境基準の類型指定等を行った。
　さらに、自然環境の保全については、自然環境保全法、自然公園法等に基づく自然環境の特性に応じた施策の一層の推進を図るとともに、「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」等に基づく野生生物の保護対策等を総合的に推進した。