3 閉鎖性水域等における水環境の保全

　水質改善が依然として進んでいない河川や閉鎖性水域等については、所要の調査解析等を行う。
　また、水質汚濁の著しい都市内河川、水道水源水域等の水質改善を図るため、水質汚濁防止法等に基づく排水規制、下水道等生活排水処理施設の整備や住民参加等による生活排水対策、河川等における浄化対策や流量の確保等の各種の施策を総合的に実施する。さらに身近な水辺の整備により、住民が水とふれあう機会を増やして住民一人ひとりの意識啓発を図る。
　湖沼については、「湖沼水質保全特別措置法」に基づく「湖沼水質保全計画」の策定されている琵琶湖等10湖沼について、同計画に基づき、各種規制措置のほか、下水道の整備その他の事業を総合的・計画的に推進する。
　また、農地・市街地等から発生する汚濁負荷対策の効果を検討する調査等を行うとともに、指定湖沼における汚濁負荷量削減状況の把握に努める。さらにヨシ等の生態系を活用した水質浄化施設の整備を進める。
　東京湾、伊勢湾及び瀬戸内海において、化学的酸素要求量(COD)を対象とした第4次水質総量規制を推進するとともに、CODのみならず窒素及び燐とを併せた総合的な水質保全対策を推進するため、平成12年度からの第5次水質総量規制の在り方についての検討を行う。
　湖沼及び海域の富栄養化対策として、全窒素及び全燐に係る環境基準類型指定を進めるとともに、富栄養化等の状況の把握及び窒素・燐の発生源対策に関する調査を行う。
　瀬戸内海については、「瀬戸内海環境保全特別措置法」に基づき、窒素及び燐に係る削減指導等の富栄養化防止対策、自然海浜の保全などの諸施策を引き続き推進する。また、規制を中心とした保全型施策の充実及び失われた良好な環境を回復させる施策の展開を図るための検討を進める。
　また、有機性汚泥が蓄積している河川、湖沼、港湾等の水域についてはしゅんせつ等の浄化対策を適切に実施する。