国立公害研究所においては従来から組織の充実を図ってきたところであるが、平成2年度においては社会・行政ニーズに対応するため、「国立環境研究所」に改組し、次のような組織の再編拡充等を行うこととしている。
?　研究部門を、分野ごとの基礎的研究を実施する基礎研究部門(6研究部)及び社会・行政ニーズに機動的に対応した研究を実施する総合研究部門(2研究グループ)とするとともに、環境情報センターを設置する。
?　「地球環境研究センター」を設置する。
?　環境保全に関する研究と研修の緊密な連携の観点から、公害研修所を「環境研修センター」として本研究所に統合する。
　同年度には9課題の特別研究を実施することとしており、新規課題は、「産業構造の変化及び生活様式の高度化に伴う多様な環境汚染に係る対策に関する研究」である。
　このほか、環境情報システムの整備については、上述の組織の拡充のほか、地球環境、大気汚染、水質汚濁等に関するデータベースの整備を一層進めるほか、国連環境計画(UNEP)の国際環境情報源照会システム(INFOTERRA)についても、情報源の登録を拡大するなど所要の作業を進める。