「農用地の土壌の汚染防止等に関する法律」に基づく特定有害物質として現在カドミウム、銅及び砒素が指定されているが、その他の重金属類についても調査を進める。
　農用地の土壌汚染対策として、都道府県が実施する細密調査等について助成を行い、基準値以上検出地域については、都道府県知事が対策地域の指定、対策計画の策定等の措置を早急に講ずるように指導するとともに、対策計画に基づく排土、客土、水源転換等を内容とする公害防除特別土地改良事業等に助成する。また、休廃止鉱山関係地域において、客土等の恒久対策が講じられるまでの暫定対策として、土壌改良資材の投入等を行うカドミウム汚染米発生防止対策事業に助成する。
　さらに、全国の農用地を対象に、定点における重金属類による土壌の汚染の状況を把握する土壌環境基礎調査について助成を行うほか、対策地域の指定解除地域を対象に長期的な再汚染防止の観点から監視を行う解除地域調査に助成する。
　一方、市街地土壌汚染対策を推進するため、新たにトリクロロエチレン等による土壌・地下水汚染に関し、汚染機構の解明のための現地調査、効果的、経済的な汚染土壌・地下水の処理対策の確立のための調査を行うとともに、土壌汚染の監視のためのパイロットモニタリング調査を行う。
　そのほか、廃棄物を資材とする再利用資源の農用地等への還元に伴う周辺環境に対する影響等に関する調査を実施するとともに、有害化学物質の土壌への蓄積状況等に関する調査を実施する。また、酸性雨に関し、生態系への影響を監視するため総合的なパイロットモニタリングを行うとともに、各種土壌のモニタリング及び土壌影響の予測のための調査を実施する。