国立公害研究所は、平成元年度において、高層大気研究及び分子生物学研究を担当する研究室の新設等により10部2課41室250名の機構・定員をもって、経常研究の他、特別研究12課題(うち新規3課題)を推進することとしている。
同年度から新たに実施する特別研究は、「地球温暖化に係る大気成分の環境動態の解明に関する研究」(地球温暖化総合特別研究)、「広域都市圏における交通公害防止計画策定のための環境総合評価手法に関する研究」及び「水環境における化学物質の長期暴露による相乗的生態系影響に関する研究」の3課題である。
このほか、環境情報システムの整備については、大気汚染、水質汚濁等に関するデータベースの整備を一層進めるほか、国連環境計画(UNEP)の国際環境情報源照会システム(INFOTERRA)についても、情報源の登録を拡大するなど所要の作業を進める。